Форум 3DNews
Вернуться   Форум 3DNews > Разное > Флейм > Тематический околокомпьютерный флейм

Ответ Создать новую тему
Опции темы Опции просмотра
Непрочитано 10.06.2019, 11:03   [включить плавающее окно]   #201
Smirnoff
Мужской Модератор
 
Аватар для Smirnoff
 
Регистрация: 30.12.2004
Адрес: Новосибирск
Цитата (SETI_home_v8) »
возможно, имелось ввиду
Я потому и написал " в которых сам SETI_home_v8 ничего не понимает... ", что ты лишь тупо копипастишь - не давая себе труда хотя-бы прочитать, не то что - понять...
__________________
С уважением,
Олег Р. Смирнов
Smirnoff вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 11.06.2019, 11:26   [включить плавающее окно]   #202
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Цитата (Smirnoff) »
Я потому и написал " в которых сам SETI_home_v8 ничего не понимает... ", что ты лишь тупо копипастишь - не давая себе труда хотя-бы прочитать, не то что - понять...
Я не понимаю, зато другие увидят и поймут, ну или хотя бы заинтересуются....
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 11.06.2019, 11:53   [включить плавающее окно]   #203
Smirnoff
Мужской Модератор
 
Аватар для Smirnoff
 
Регистрация: 30.12.2004
Адрес: Новосибирск
Цитата (SETI_home_v8) »
зато другие увидят и поймут, ну или хотя бы заинтересуются...
Не факт. Я читаю, ибо обязан. А вот другим-то зачем читать этот твой "поток сознания"? Ты просто посмотри внимательно: бОльшая часть комментариев в твоём топике от модераторов - которые тоже читают его лишь потому, что обязаны...
__________________
С уважением,
Олег Р. Смирнов
Smirnoff вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 11.06.2019, 14:53   [включить плавающее окно]   #204
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Цитата (Smirnoff) »
Не факт. Я читаю, ибо обязан. А вот другим-то зачем читать этот твой "поток сознания"? Ты просто посмотри внимательно: бОльшая часть комментариев в твоём топике от модераторов - которые тоже читают его лишь потому, что обязаны...
я уже заметил... но ничего страшного, вода камень точит...
кто будет искать через гугл, наткнется на этот паблик... я проверял...
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 27.06.2019, 17:12   [включить плавающее окно]   #205
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
ЗА любовь к науке

ЗА любовь к науке
(Перевод через гугл-переводчик)
https://www.tacc.utexas.edu/-/for-the-love-of-science
Научные энтузиасты, исследователи и студенты получают выгоду от работы на добровольных началах с использованием BOINC @ TACC.
(Суперкомпьютер TACC Stampede2, расположенный в J.J. Pickle Research Campus в Техасском университете в Остине. Stampede2 предоставляет возможности высокопроизводительных вычислений тысячам исследователей в США. Осенью 2017 года она была полностью запущена в производство как система из 18 петафлопов, основанная на успехах исходного замененного кластера Stampede.)
Вам не нужно быть ученым, чтобы участвовать в исследовательских проектах в таких областях, как биомедицина, физика, астрономия, искусственный интеллект или науки о Земле.
Используя специализированное программное обеспечение с открытым исходным кодом из проекта Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC), сотни тысяч домашних и рабочих компьютеров используются для добровольных вычислений с использованием пользовательских устройств и организационных ресурсов. За последние 17 лет, при финансировании, главным образом Национального научного фонда (ННФ), BOINC в настоящее время используется 38 проектами и более чем полмиллиона компьютеров, на которых работают эти проекты по всему миру.
Дэвид Андерсон, основатель BOINC, является научным сотрудником Лаборатории космических наук Университета Калифорнии в Беркли. Его целью в создании BOINC было создание программного обеспечения для обработки деталей распределенных вычислений, чтобы ученым не пришлось этого делать.
«Я хотел создать новый способ проведения научных вычислений в качестве альтернативы сеткам, кластерам и облакам», - сказал Андерсон. «Будучи программной системой, BOINC был очень успешным. Он развивался без особых трудностей роста для обработки многоядерных процессоров, всевозможных графических процессоров, виртуальных машин и контейнеров, и мобильных устройств Android».
Техасский центр расширенных вычислений (TACC) начал свой собственный проект в 2017 году - BOINC @ TACC -, который поддерживает виртуализированные, параллельные, облачные приложения и приложения на базе графических процессоров, что позволяет общественности помогать решать научные проблемы. BOINC @ TACC - это первое использование добровольных вычислений крупным центром высокопроизводительных вычислений (HPC).
«BOINC @ TACC - отличный проект для того, чтобы сделать широкую публику ключевым вкладчиком в научно-технические проекты», - говорит Риту Арора, научный сотрудник TACC и руководитель проекта.
https://boinc.tacc.utexas.edu/
«Мы любим взаимодействовать с людьми в сообществе, которые могут стать научными энтузиастами и связываться с TACC и генерировать осведомленность о научных проектах», - сказала Арора. «И, что важно для студентов и исследователей, всегда существует неудовлетворенный спрос на вычислительные циклы. Если у нас есть способ соединить эти два сообщества, мы удовлетворяем основную потребность».
Волонтер BOINC Дик Дагган - ИТ-специалист на пенсии, живет в Массачусетсе и более десяти лет занимается энтузиастами компьютерных технологий.
«Я ботаник-физик. Это мои любимые проекты», - сказал он. «Я делаю вычислительные циклы во многих проектах, включая Большой адронный коллайдер (LHC). LHC занимается современной физикой - они делают физику на краю того, что мы знаем о вселенной, и продвигаем этот край дальше."
Дагган использует свой ноутбук, настольный компьютер, планшет и Raspberry Pi, чтобы обеспечить вычислительные циклы для BOINC @ TACC. «Когда мой телефон подключен и заряжен, он также запускает BOINC @ TACC».
Присоединиться к BOINC @ TACC очень просто: зарегистрируйтесь как волонтер, настройте свое устройство и выберите свои проекты.
Вычислительные циклы на более чем 1300 вычислительных устройствах были предложены для проекта BOINC @ TACC, и более 300 устройств обработали задания, представленные с использованием инфраструктуры BOINC @ TACC. Суммарная мощность компьютера, доступная через ЦП на добровольных устройствах, составляет около 3,5 терафлопс (или 3,5 триллиона операций с плавающей запятой в секунду).
(Карлос Редондо (слева) и Риту Арора (справа). Редондо - старший специалист по аэрокосмической технике в UT Austin, разработчик проекта BOINC @ TACC и исследователь-исследователь, использующий инфраструктуру. Арора является научным сотрудником TACC и руководителем проекта BOINC @ TACC.)
Почему BOINC @ TACC?
Ни для кого не секрет, что вычислительные ресурсы пользуются большим спросом, а исследователям с самыми высокими вычислительными требованиями требуются суперкомпьютерные системы. Доступ к самым мощным суперкомпьютерам в мире, таким как ресурсы TACC, важен для развития науки во всех дисциплинах. Однако из-за ограниченности финансирования эти ресурсы всегда испытывают неудовлетворенную потребность.
Риту Арора, научный сотрудник TACC и руководитель проекта BOINC @ TACC)
«BOINC @ TACC помогает заполнить пробел в том, что нужно исследователям и студентам, и что в настоящее время им могут предоставить суперкомпьютерные центры открытой науки», - сказала Арора.
Исследователи из UT Остин; любое из 14 учреждений системы UT; а исследователи по всей стране через XSEDE, национальную передовую вычислительную инфраструктуру в США, приглашаются отправлять научные работы в BOINC @ TACC.
https://www.xsede.org/
Чтобы помочь исследователям с этой неудовлетворенной потребностью, TACC начала сотрудничество с Андерсоном в Калифорнийском университете в Беркли, чтобы выяснить, как центр может передать высокопроизводительные вычислительные задания в BOINC.
Когда исследователь готов представить проекты через BOINC @ TACC, все, что ему нужно сделать, это войти в систему TACC и запустить программу со своей учетной записи, которая зарегистрирует их для BOINC @ TACC, согласно Arora. После этого исследователь может продолжить запуск программ, которые помогут им (1) решить, является ли BOINC @ TACC подходящей инфраструктурой для выполнения их заданий; и (2) отправлять квалифицированные высокопроизводительные вычислительные задания через интерфейс командной строки. Исследователи также могут отправлять задания через веб-интерфейс.
Например, вместо работы, выполняемой в Stampede2, она может выполняться на домашнем или рабочем компьютере добровольца.
«Наше программное обеспечение соответствует типу ресурсов для работы и тому, что доступно в сообществе», - сказала Арора. «Тесно связанные приложения, требующие большого объема вычислений, ввода-вывода и памяти, не подходят для работы в инфраструктуре BOINC @ TACC. Поэтому такие задания отфильтровываются и передаются для запуска на Stampede2 или Lonestar5 вместо BOINC @ TACC, - пояснила она.
Значительное число высокопроизводительных вычислительных заданий также выполняется в системах TACC в дополнение к тесно связанным заданиям MPI. Эти высокопроизводительные вычислительные задания состоят из больших наборов слабо связанных задач, каждая из которых может выполняться независимо и параллельно с другими задачами. Некоторые из этих высокопроизводительных вычислительных заданий имеют скромные потребности в памяти и вводе / выводе и не предполагают фиксированного времени выполнения. Такие задания могут выполняться в инфраструктуре BOINC @ TACC.
«Работа на добровольных началах хорошо подходит для такой нагрузки», - сказал Андерсон. «Идея BOINC @ TACC состоит в том, чтобы разгрузить эти задания на сервер BOINC, освобождая суперкомпьютеры для тесно связанных параллельных заданий, которые в них нуждаются».
Для начала команда TACC развернула экземпляр сервера BOINC на платформе облачных вычислений. Затем команда разработала программное обеспечение для интеграции BOINC с платформами суперкомпьютеров и облачных вычислений. В ходе этого процесса команда проекта разработала и выпустила инновационные программные компоненты, которые могут использоваться сообществом для поддержки проектов из различных областей. Например, облачная общая файловая система и инфраструктура для создания образов Docker, разработанные в этом проекте, могут быть полезны для различных проектов научных шлюзов.
Как только проект начал работать, добровольцы с энтузиазмом начали регистрироваться. Количество исследователей, использующих BOINC @ TACC, постепенно увеличивается.
Карлос Редондо, старший специалист по аэрокосмическому проектированию в UT Austin, является разработчиком проекта BOINC @ TACC и исследователем, использующим инфраструктуру.
«Стимулом для исследователей в использовании компьютеров на добровольных началах является то, что они экономят на распределении своих проектов», - сказал Редондо. «Но исследователи должны помнить, что число ядер на добровольных системах будет небольшим, и у них нет специальной оптимизации, которую имеют серверы в TACC», - сказал Редондо.
Будучи студентом-исследователем, Редондо представил несколько рабочих мест по вычислительной гидродинамике через BOINC @ TACC. В этой области компьютеры используются для моделирования потока жидкости и взаимодействия жидкости (жидкости и газы) с поверхностями. Суперкомпьютеры могут достигать лучших решений и часто требуются для решения самых больших и самых сложных проблем.
(Визуализация ParaView вычислительной задачи по гидродинамике с использованием BOINC @ TACC. Имитация потока жидкости в двумерной квадратной полости (отверстии), ограниченной твердыми поверхностями с трех сторон с постоянной скоростью на вершине. Полученные результаты были идентичны полученным на Stampede2. Источник: Карлос Редондо)
«Результаты с точки зрения числа, полученного от устройств добровольцев, были точно такими, как ожидалось, и также идентичны тем, которые работают на Stampede2», сказал он.
По словам Редондо, поскольку задания выполняются всякий раз, когда компьютеры добровольцев становятся доступными, время обработки данных у исследователей больше, чем в Stampede2. «Важно, что, если волонтер решит остановить работу, BOINC @ TACC автоматически защитит ход выполнения, защитит данные и сохранит результаты».
Технический вклад TACC в BOINC
Программное обеспечение BOINC работает "из коробки". То, что он не поддерживает, это программное обеспечение для непосредственного приема на работу от суперкомпьютеров.
«Мы интегрируем программное обеспечение BOINC с программным обеспечением, которое работает на суперкомпьютерных устройствах, чтобы эти две части могли общаться друг с другом, когда нам нужно перенаправить квалифицированные высокопроизводительные вычислительные задания от суперкомпьютеров к добровольным устройствам. Другая часть, которую внес TACC, расширяется BOINC для платформ облачных вычислений ", сказал Арора.
В отличие от других проектов BOINC, инфраструктура BOINC @ TACC может выполнять задания на виртуальных машинах (ВМ), работающих в системах облачных вычислений. Эти системы особенно полезны для задач графического процессора и для обеспечения определенного качества обслуживания исследователей. «Если пул добровольных ресурсов сократится, мы сможем направить задания на системы облачных вычислений и оправдать ожидания исследователей. Это еще один уникальный вклад проекта», - сказала Арора.
BOINC @ TACC также впервые использует Docker для упаковки пользовательских научных приложений, чтобы они могли работать на добровольных ресурсах.
Кроме того, проектная команда планирует сотрудничать с компаниями, которые могут иметь программы корпоративной социальной ответственности для запроса вычислительных циклов на своих офисных компьютерах или системах облачных вычислений.
«У нас есть возможность использовать офисные настольные и портативные компьютеры, а также виртуальные машины в облаке. Мы продемонстрировали, что способны маршрутизировать задания от Stampede2 до систем облачных вычислений TACC, Chameleon и Jetstream, через инфраструктуру BOINC @ TACC. "Арора сказал.
Андерсон заключил: «Мы надеемся, что BOINC @ TACC обеспечит историю успеха, которая побудит другие крупные научные вычислительные центры использовать тот же подход. Это принесет пользу тысячам специалистов в области вычислительной техники и, мы надеемся, значительно увеличит популяцию добровольцев».
Дик Дагган выразил общее мнение добровольцев BOINC, что люди хотят сделать это ради любви к науке. «Это самое малое, что я могу сделать. Возможно, я не ученый, но я чего-то достигаю… и это интересно», - сказал Дагган.
Подробнее: Программная инфраструктура, разработанная TACC для маршрутизации заданий от систем TACC к добровольным устройствам и системам облачных вычислений, описана в этом документе. (https://link.springer.com/chapter/10...81-13-7729-7_8 )
BOINC @ TACC финансируется за счет премии NSF № 1664022. Участники проекта благодарны TACC, XSEDE и Общественному институту Science Gateway (SGCI) за предоставление ресурсов, необходимых для реализации этого проекта.
(Мы надеемся, что BOINC @ TACC обеспечит историю успеха, которая мотивирует другие крупные научные вычислительные центры использовать тот же подход. Это принесет пользу тысячам ученых и, мы надеемся, значительно увеличит популяцию добровольцев.
Дэвид Андерсон, основатель BOINC и научный сотрудник лаборатории космических наук Университета Калифорнии в Беркли)
Нажмите на изображение для увеличения
Название: article (1).jpg
Просмотров: 28
Размер:	286.4 Кб
ID:	55166

Нажмите на изображение для увеличения
Название: article.jpg
Просмотров: 35
Размер:	143.6 Кб
ID:	55167

Нажмите на изображение для увеличения
Название: article.png
Просмотров: 32
Размер:	94.9 Кб
ID:	55168
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 29.06.2019, 08:25   [включить плавающее окно]   #206
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Туберкулез не знает границ
Одна треть населения земного шара питается туберкулезной бактерией, и в 2014 году от этой болезни погибло 1,5 миллиона человек, что делает ее одной из самых смертельных болезней в мире. Вы можете помочь исследователям узнать больше об этой болезни и о том, как ее преодолеть.
Туберкулез (ТБ) и BOINC
Туберкулез (ТБ) - одно из самых опасных заболеваний в мире, которое поражает людей в течение тысяч лет. Около трети населения мира питается туберкулезной бактерией, при этом только в 2014 году умирает 1,5 миллиона человек, и Всемирная организация здравоохранения в настоящее время считает туберкулез наряду с ВИЧ самой опасной инфекционной болезнью в мире. Благодаря помощи «Остановим туберкулез» исследователи используют систему World Community Grid для борьбы с этой смертельной болезнью.
Фон
Mycobacterium tuberculosis - медленный убийца, который часто остается бездействующим в течение длительных периодов времени, прежде чем воспользоваться возможностью превратиться в активное заболевание туберкулезом. Плохое питание, старость или ослабленная иммунная система могут ускорить начало активного туберкулеза. Это воздушно-капельное заболевание, чаще всего распространяющееся от одного человека к другому через каплю от кашля, попадающего в чьи-то легкие. Симптомы могут начаться с кашля, потери веса и лихорадки, перерасти в затрудненное дыхание и кашель с кровью и могут распространиться на другие органы.
Проблема
Хотя для борьбы с туберкулезом были разработаны вакцина и несколько препаратов, туберкулезная бактерия развивает устойчивость к доступным методам лечения. Медикаментозное лечение может длиться до двух лет, но, когда пациенты прерывают или прекращают лечение, у бактерий может развиться резистентность. Это, наряду с непостоянной доступностью лекарств и повышенным риском заражения ВИЧ-инфицированных пациентов с ослабленной иммунной системой, все это способствовало возобновлению заболевания. Почти половина европейских случаев в настоящее время устойчива по крайней мере к одному препарату, а 4% всех случаев в мире устойчивы к комбинации препаратов.
Предложенное решение
Бактерия имеет необычный слой, который защищает ее от многих лекарств и иммунной системы пациента. Среди жиров, сахаров и белков в этой оболочке туберкулезная бактерия содержит жирные молекулы, называемые миколиновой кислотой. Программа Help Stop TB будет использовать огромное количество вычислительной мощности, предоставляемой членами World Community Grid, для моделирования поведения этих молекул в их многочисленных конфигурациях, чтобы лучше понять, как они защищают бактерии ТБ. Ученые надеются использовать полученную информацию, чтобы наконец разработать более эффективные методы лечения этой смертельной болезни.
Хотите принять участие в борьбе с туберкулезом, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 01.07.2019, 09:58   [включить плавающее окно]   #207
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Помогите остановить туберкулез: новые данные о миколиновых кислотах

Нажмите на изображение для увеличения
Название: hstb_update_ma_folds.jpg
Просмотров: 29
Размер:	22.5 Кб
ID:	55181
Автор: Команда «Помогите остановить туберкулез»
Ноттингемский университет
17 августа 2017
Резюме
Проект «Помогите остановить туберкулез» оказывается наиболее полным исследованием миколиновых кислот, которое когда-либо проводилось, что будет иметь огромное значение для всех исследователей, которые заинтересованы в том, как эти молекулы защищают бактерии. В этом обновлении исследователи описывают складки миколиновой кислоты, которые никогда не были детализированы, и объясняют, как они планируют продолжить исследование этой новой территории по мере продолжения проекта.
Привет всем, и спасибо, что уделили время вашему компьютеру, чтобы помочь остановить туберкулез!
Бактерия, вызывающая туберкулез (микобактерии туберкулеза), имеет необычное покрытие, которое защищает ее от многих лекарств и иммунной системы пациента. Это покрытие включает в себя жирные молекулы, называемые миколиновой кислотой. Проект «Помогите остановить туберкулез» использует компьютерное моделирование для моделирования поведения этих миколиновых кислот во многих их конфигурациях, чтобы лучше понять, как они защищают бактерии от туберкулеза. Это может помочь ученым разработать более эффективные методы лечения этой смертельной болезни.
Изучение миколиновых кислот
Со времени нашего последнего обновления в феврале команда сосредоточилась на анализе данных моделирования, которые мы получили от World Community Grid, и придумала содержательные выводы о том, как различные конфигурации миколиновых кислот могут обеспечить защиту от бактерий ТБ. Складки миколиновой кислоты, о которых мы поговорим в этом разделе, ранее не были описаны, и никогда не было такого углубленного изучения складок миколиновой кислоты и их связи друг с другом.
Мы продолжаем анализировать данные, используя инструментарий, который мы более подробно описали в нашем предыдущем обновлении проекта. Вкратце, основные аналитические методы, которые мы используем, включают комбинацию кластеризации PCA (анализ основных компонентов), использование инструмента, разработанного в Аптечной школе при Ноттингемском университете, и расчеты дистанционной матрицы. Пример различной информации, которую мы можем извлечь из расчетов матрицы расстояний, можно найти ниже.
Эта фигура является иллюстрацией матрицы расстояний для двух сгибов; складка «узел» и складка с пятью цепями. Эти складки миколиновой кислоты не были описаны ранее. На этом рисунке показано, что эти различные сгибы (слева) на самом деле связаны между собой и имеют зависимости друг от друга, как это видно из их матриц среднего расстояния (справа), которые визуально очень похожи. Это сходство дополнительно подтверждается расчетами среднеквадратичного отклонения (RMSD).
Эти различные схемы свертывания в настоящее время анализируются для всего набора данных, полученных из World Community Grid. Эти данные также включают моделирование при разных температурах и для разных растворителей. Таким образом, это дает нам возможность проанализировать влияние этих параметров на складывание различных миколиновых кислот, что важно для понимания того, как они в конечном итоге взаимодействуют, складываются и ведут себя в бактериальных клеточных стенках и влияют на свойства клеточной стенки, которые обеспечивают защиту для бактерии туберкулеза.
Оставшаяся проблема для анализа данных Grid Мирового сообщества состоит в том, чтобы объединить огромное количество информации в важные ключевые характеристики, к которым мы стремимся, и ключевой вопрос: почему разные миколиновые кислоты играют такие разные биологические и иммунологические роли? Оставайтесь с нами, мы работаем над этим.
Планы на будущее
В планах на будущее - позволить нашим результатам «иссякнуть» через несколько месяцев. Это поможет нам организовать огромное количество симуляций, которые мы сейчас выполняем. Более конкретно, запустив результаты «всухую», мы сможем исследовать ход моделирования, исправить любые проблемы, создать эффективные резервные копии, а затем перезапустить моделирование заново. Повторный запуск «чистого» означает не только то, что мы исправим все возможные проблемы, но также означает, что все симуляции будут перезапущены одновременно, что гарантирует более эффективный мониторинг их прогресса. Кроме того, новые модели будут добавлены в рабочий процесс на основе информации, которую мы уже собрали.
Что касается командных новостей, Афина в последние недели пишет диссертацию и должна сосредоточиться на этих 100%, чтобы убедиться, что подача проходит гладко! Как только мы «иссякнем» и начнем «чистые» симуляции, наша команда немного изменится, поскольку Вилма уйдет в отставку. Инициировав проект, Вильма была рада видеть запуск проекта и добилась значительных успехов благодаря тяжелой работе команды Ноттингема и вашему вкладу. Вся команда чрезвычайно благодарна за вклад и талант Вильмы - без нее мы никогда бы не приступили к этому амбициозному проекту и не смогли бы его расширить. Она внесла неизмеримый вклад, и мы желаем ей всего наилучшего в ее будущих начинаниях - пусть они будут хотя бы столь же успешными.
Это были все наши новости на данный момент! Еще раз спасибо за ваш вклад!
https://www.worldcommunitygrid.org/r...t1/overview.do
https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=515
Хотите принять участие в борьбе с туберкулезом, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 21.07.2019, 22:44   [включить плавающее окно]   #208
Nether15Lands
Мужской Новенький
 
Регистрация: 24.04.2019
Тормоза поборол, надо было поменять учётную запись пользователя виндовс, на новенькой всё так как до добавления оперативки стало, тоесть не совсем гладко но нормально. Надо будет ещё напряжение в розетке померить, думаю там не 220-240 а меньше, должно же быть логическое объяснение такого жора
Nether15Lands вне форума  
Ответить с цитированием
Непрочитано 22.07.2019, 11:43   [включить плавающее окно]   #209
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Цитата (Nether15Lands) »
Тормоза поборол, надо было поменять учётную запись пользователя виндовс, на новенькой всё так как до добавления оперативки стало, тоесть не совсем гладко но нормально. Надо будет ещё напряжение в розетке померить, думаю там не 220-240 а меньше, должно же быть логическое объяснение такого жора
Удачи... А вообще проекты которые работают с видеокартой тяжеловаты... и прожорливы в плане электроэнергии... но чтобы при этом пк так жестко тупил я такого не встречал... хотя кто знает...
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 22.07.2019, 11:59   [включить плавающее окно]   #210
garniv
Мужской Модератор
 
Аватар для garniv
 
Регистрация: 29.06.2004
Цитата (Nether15Lands) »
Надо будет ещё напряжение в розетке померить, думаю там не 220-240 а меньше, должно же быть логическое объяснение такого жора
А разве в твоем системнике не универсальный БП, работающий в диапазоне 110-250 В ?
__________________
Хочешь помочь новичку — делай вместе с ним. Хочешь помочь старику — делай вместо него. Хочешь помочь мастеру — отойди и не мешай. А хочешь помочь Таргитаю — сам Таргитай.
garniv на форуме  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 27.07.2019, 15:54   [включить плавающее окно]   #211
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
200 000 новых предсказанных белковых структур и подсчет: планы на будущее для проекта невосприимчивости к микробиомам
Автор: Томаш Косциолек, доктор философии
UC San Diego Центр микробиомных инноваций
23 июля 2019 г.
Резюме
Проект «Иммунитет к микробиомам» позволил спрогнозировать почти 200 000 уникальных белковых структур (пока), и проект вышел на международный уровень. Узнайте больше в этом видео обновлении.
https://youtu.be/0mOht1nahEg
(Текст ниже является транскрипцией видео.)
Уважаемые волонтеры сообщества World Grid,
По состоянию на июль 2019 года вы пожертвовали около 70000 лет процессорного времени для проекта «Иммунитет к микробиомам», который помог нам предсказать почти 200 000 уникальных белковых структур!
На данный момент — это больше, чем все экспериментально решенные белковые структуры на сегодняшний день!
Ваш щедрый вклад помогает нам разрабатывать новые методы и получать представление о микробных белках, их структурных и функциональных вселенных.
Мы постоянно совершенствуем наши методы благодаря данным, сгенерированным проектом, и учимся на них вносить коррективы в то, как и что мы прогнозируем в рамках проекта. Таким образом, это беспроигрышная ситуация: мы постоянно учимся и внедряем инновации, максимально эффективно используя вычислительные мощности, которые вы нам предоставляете.
Мы уже аннотируем белки с современной точностью и открываем новые структуры, которые выполняют эти функции. В конце мая мы встретились в Институте Флэтайрон в Нью-Йорке, чтобы завершить подготовку проекта публикации и изучить наши выводы на сегодняшний день. В скором времени мы поделимся своими результатами в научных публикациях и непосредственно с вами.
В конечном счете, мы приближаемся к решению главной цели этого проекта - иммунитета к микробиомам.
Есть еще одна вещь. В прошлом месяце я переехал в Малопольский центр биотехнологий в Кракове, Польша, чтобы занять здесь должность доцента. Что это значит для проекта и моего участия в нем? Это хорошая новость, потому что здесь я создаю группу, чтобы выполнять еще больше работы над этим проектом. Вскоре будет больше исследователей, которые будут усердно работать, чтобы наилучшим образом использовать бесценные данные, которые вы нам предоставляете!
Поэтому спасибо вам за участие в проекте и за то, что вы сделали возможным не только научное открытие, но и создание по-настоящему международной и совместной сети исследователей, которые увлечены и верят, что проект «Иммунитет к микробиомам» изменит наше понимание того, как работает микробиом, и приблизить нас к решению проблемы микробиомного иммунитета при диабете 1 типа и воспалительных заболеваниях кишечника.
Хотите принять участие в решении проблемы микробиомного иммунитета при диабете 1 типа и воспалительных заболеваниях кишечника тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 07.08.2019, 14:28   [включить плавающее окно]   #212
SETI_home_v8
Мужской Общительный
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
OpenZika близка к завершению работы над сетью мирового сообщества волонтеров
Community Grid за последние три года. Узнайте о следующих шагах для проекта в этом всеобъемлющем обновлении.
Завершение работы над сетью мирового сообщества
Недавно мы оценили работу, проделанную для проекта OpenZika, и пришли к выводу, что мы почти завершили то, что предложили, а именно провести виртуальный скрининг практически всех белков вируса Зика из самого большого набора данных доступных соединений (библиотека ZINC 15, содержащая приблизительно 30 миллионов соединений). Благодаря волонтерам, которые поддержали проект, у нас есть много, много результатов для оценки.
В течение следующих нескольких недель мы представим несколько дополнительных структур вируса Зика и полимеразы NS5 (РНК и активный сайт) и метилтрансферазы NS5 (сайт GTP), чтобы завершить наш проект. Когда группа разработчиков World Community Grid создает рабочие единицы для этих структур, это должно создать приблизительно 20 000 пакетов. Как только они будут завершены, мы полностью сосредоточимся на анализе данных.
Прогресс в выборе и тестировании соединений
Мы фактически провели скрининг коммерческой базы данных ChemBridge, содержащей более 1 миллиона соединений, против белков вируса Зика (ZIKV): оболочки, протеазы, геликазы, полимеразы и метилтрансферазы.
Мы также проверили базу данных ChemBridge на наличие протеазы денге и протеазы геликазы. После расчета стыковки на OpenZika мы пропустили соединения через фильтр свободной энергии и фильтр моделей машинного обучения ZIKV. Мы также провели медицинский осмотр на основе наиболее перспективных кандидатов.
Этот новый раунд соединений позволил нам выбрать 55 новых кандидатов на вирус Зика и 20 кандидатов на лихорадку денге (рис. 1). Соединения были приобретены и отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего в лаборатории доктора Джейра Сикейра-Нето для экспериментальной оценки. Они проводят клеточные анализы в нервных стволовых клетках человека (hNSCs) с ZIKV. Мы также проведем ферментные анализы в геликазе и протеазе белков ZIKV NS3 вместе с нашими сотрудниками в Физическом институте Сан-Карлоса, Университет Сан-Паулу (Бразилия), в лаборатории доктора Глауциуса Оливы, чтобы подтвердить действия предполагаемых ферментативных кандидатов.

271/5000
(Рис. 1. Ход экспериментов по виртуальному скринингу, выполненных для оболочки ZIKV (E), протеазы NS2B-NS3, геликазы NS3, полимеразы NS5 и метилтрансферазы NS5, а также для протеазы NS2B-NS3 DENV и геликазы NS3, с использованием базы данных ChemBridge (~ 1 миллион соединений).)
Кроме того, мы выполнили виртуальный скрининг двух собственных наборов данных о натуральных продуктах и полусинтетических соединениях от двух сотрудников: доктора Ластера из Университета штата Северная Каролина (Университет штата Северная Каролина) и доктора Регасини из Университета штата Сан-Паулу (Университет США). Мы фактически провели скрининг соединений против протеаз ZIKV NS3 и белков геликазы и пропустили соединения через фильтр свободной энергии. После этого мы выполнили целевой прогнозный анализ перспективных хитов. Затем экстрагированные и выделенные соединения были протестированы с использованием анализов in vitro, клеточных анализов и ферментативных анализов, чтобы подтвердить исследование in silico (рис. 2).
(Рисунок 2. Ход экспериментов по виртуальному скринингу, выполненных для протеазы ZIKV NS2B-NS3 и геликазы NS3, с использованием баз данных housenatural и полусинтетических соединений.)
Состояние расчетов
В общей сложности мы предоставили почти 8,57 миллиарда рабочих мест для стыковки, в которых участвовало 427 различных целевых сайтов. На наших первых экранах использовалась более старая библиотека из 6 миллионов коммерчески доступных соединений, а в наших текущих экспериментах используется новая библиотека ZINC15 из 30,2 миллиона соединений.
К настоящему времени,> 80 000 добровольцев, которые пожертвовали свои запасные вычислительные мощности OpenZika, дали нам> 84 711 процессорных лет вычислений стыковки, в настоящее время в среднем 75,1 процессорных лет в день! Спасибо всем большое за вашу помощь !!
За исключением нескольких отставших, мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают стыковку 30,2 миллиона соединений против NS1, NS3 helicase (как сайта связывания РНК, так и сайта ATP), NS5 РНК-полимеразы (NTP и карман РНК), NS5 метилтрансфераза (сайт SAM), протеаза NS2B / NS3, капсид (карманы связывания 1 и 2) и белок оболочки.
Предстоящие публикации
Недавно мы опубликовали обзор под названием «Высокая пропускная способность и вычислительное перепрофилирование для забытых болезней» в журнале «Фармацевтические исследования». В этой статье описываются усилия по перепрофилированию многих лекарств, предпринимаемые в разных лабораториях по всему миру, чтобы попытаться найти способы лечения многих тропических заболеваний, включая инфекции Зика и денге.
Исследователи OpenZika Доктор Мелина Моттин, Доктор Рузвельт Сильва, Msc. Бруна Соуза и Пауло Рамос представили тезисы для рассмотрения для устной и / или постерной презентации на конференции 9thBrazMedChem2019, крупнейшей конференции по медицинской химии в Латинской Америке. Д-р Моттин и Бруна представят исследования, связанные с природными соединениями: «Открытие флавоноидов из нитроген птерогина с мощной активностью против протеазы и геликазы вируса Зика» и «Открытие новых кандидатов на вирус Зика: натуральные продукты из Angelica keiskei с активностью против NS2B- Протеаза NS3». Пауло представит работу «Интегративный анализ сходства, модели стыковки и машинного обучения для выявления новых хитов Zika NS5, управляемых ингибиторами денге NS5». Доктор Рузвельт представит исследование молекулярной динамики ZIKV NS1: «Динамическое поведение денге и Белок NS1 вирусов Zika раскрывает механизмы взаимодействия мономер-мономер и дает представление о рациональном дизайне лекарств».
Документы в стадии написания - будут представлены в ближайшее время:
Мы готовим следующие статьи о впечатляющих результатах проекта OpenZika:
В одной статье сообщается о результатах (виртуальных и экспериментальных) первого раунда соединений, отобранных против геликазы ZIKV NS3, которые продемонстрировали анти-ZIKV-активность в нервных стволовых клетках человека (hNSC)
В трех работах сообщалось о замечательных результатах виртуального скрининга и экспериментальной оценки натуральных продуктов (две из коллаборации Бразилии и одна из коллаборации NC State University), растений из Бразилии и традиционной китайской медицины, соответственно, которые представили анти-ZIKV активность, ингибирующую ZIKV протеины протеазы и / или геликазы
В одном документе сообщается о результатах для утвержденных лекарственных препаратов / соединений клинических коллекций, которые обладают противомалярийной и противоболевой активностью, которые представили анти-ZIKV-активности против белка геликазы ZIKV, кандидатов на повторное использование лекарственных средств.
В одной статье представлены результаты расчетов моделирования молекулярной динамики белка ZIKV NS1 и сведения о связывающих карманах и дизайне лекарств. Эта статья была представлена в Журнал биомолекулярной структуры и динамики под названием «Динамическое поведение вирусов Денге и Зика. Белок NS1 раскрывает механизмы взаимодействия мономер-мономер и дает представление о рациональном дизайне лекарств», и в настоящее время рассматривается для публикации.
Команда также совместно подготовила главу для книги по трипаносомным болезням, которая будет опубликована в журнале Burger's Medicinal Chemistry.
Эти документы будут вскоре представлены в научных журналах.
Прошлые публикации и пропаганда
20 июня 2018 года был опубликован основной обзор «Обнаружение наркотиков сегодня» «Обнаружение лекарств от А до Я». Это всеобъемлющий обзор недавних достижений в области обнаружения наркотиков ЗИКВ, в котором освещаются репозиционирование лекарств и соединения с компьютерным контролем, в том числе недавно обнаруженные вирусные. и ингибиторы клетки-хозяина. Также описываются и обсуждаются перспективные молекулярные мишени ZIKV, а также мишени, принадлежащие клетке-хозяину, как новые возможности для открытия лекарств ZIKV. Все эти знания важны не только для продвижения борьбы с вирусом Зика и другими флавивирусами, но также помогут научному сообществу подготовиться к следующей новой вирусной вспышке, на которую нам придется реагировать.
Наша статья «Вычисление лекарств для вируса Зика» была опубликована в специальном выпуске Бразильского журнала фармацевтических наук. В этой статье мы кратко излагаем текущие усилия по поиску вычислительных лекарств и их применение для обнаружения лекарств против ZIKV. Мы также представляем успешные примеры использования вычислительных подходов к открытию лекарств ZIKV, включая наш проект OpenZika.
Д-р Шон Экинс представил плакат «Клеточные симпозиумы: новые и вновь возникающие вирусы» 1-3 октября 2017 года в Арлингтоне, штат Вирджиния, США, под названием «OpenZika: открытие новых противовирусных кандидатов против вируса Зика».
20 октября 2016 года была опубликована наша статья о забытых тропических заболеваниях PLoS «OpenZika: проект всемирного сетевого сообщества IBM по ускорению обнаружения вируса Зика», и ее уже просмотрели более 5200 раз. Любой может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Другой исследовательский документ «Иллюстрирование и моделирование гомологии белков вируса Зика» был опубликован в F1000Research и просмотрен> 4200 раз.
Мы также опубликовали еще одну исследовательскую работу под названием «Моделирование молекулярной динамики геликазы Zika Virus NS3: анализ активности сайтов связывания РНК» в специальном выпуске по флавивирусам для журнала Biochemical and Biophysical Research Communications. Это исследование системы геликазы NS3 помогло нам узнать больше об этой многообещающей цели для блокирования репликации Zika. Результаты помогут нам понять, как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы выполняли на геликазе NS3, и моделирование молекулярной динамики создало новые конформации этой системы, которые мы использовали в качестве мишеней на новых виртуальных экранах, которые мы выполняли в рамках OpenZika.
Результаты проекта OpenZika были представлены на 256-м Национальном собрании ACS 19-23 августа 2018 года в Бостоне, штат Массачусетс, США. Доктор Моттин выступил с устной презентацией и представил плакат под названием «OpenZika: открытие новых противовирусных кандидатов против вируса Зика»; в сессии «Хемоинформатические подходы для улучшения обнаружения лекарств на основе натуральных продуктов».
Д-р Моттин также выступил с устной презентацией «Применение молекулярной динамики к обнаружению лекарств для вируса Зика и Schistosoma mansoni» на встрече по инициативе Южной Америки по сотрудничеству в области молекулярного моделирования (SAIMS), которая состоялась в Институте Пастера, Монтевидео, Уругвай, 4 ноября. 7, 2018. Встреча была отличной возможностью для обмена опытом и сотрудничества с южноамериканскими исследователями, которые работают с Zika.
Информация о БразМедХим
Главный исследователь OpenZika, профессор Каролина Орта Андраде, также директор Отдела медицинской химии Бразильского химического общества (SBQ), организует крупнейшую конференцию по лекарственной химии и открытиям лекарств в Латинской Америке, 9thBrazMedChem2019, которая состоится 1 сентября -4, 2019, в Пиренополисе, Гояс, Бразилия.
Основная тема конференции этого года - «Преодоление разрыва между академической и фармацевтической промышленностью в продвижении открытия лекарств». Оргкомитет и научные комитеты работают над тем, чтобы сохранить выдающееся качество прошлых изданий, пытаясь обеспечить эффективное вовлечение и участие научного сообщества в современной структуре, которая объединяет научные и социальные мероприятия высокого уровня для объединения участников.
Мы рассчитываем принять около 500 человек, в основном аспирантов, исследователей и профессоров, работающих в области медицинской химии из Бразилии и стран Латинской Америки, в интерактивной и совместной атмосфере для обмена опытом и информацией для решения задач медицинской химии 21 век.
Более того, доктор Шон Экинс, коллега по проекту OpenZika, едет в компанию 9thBrazMedChem, чтобы рассказать о нашей работе над OpenZika, а также о работе над болезнью Шагаса и открытием лекарств от Эболы, которая представляет собой лишь некоторые из забытых болезни, с которыми он связан.
Новые члены команды проекта
Пауло Рамос - новый студент, который присоединился к лаборатории профессора Андраде в январе 2019 года. В своей проектной работе он впервые искал ингибиторы NS5 вируса денге в базах данных PubChem и ChEMBL. Он также выполнил интегративный анализ сходства белков денге и Zika NS5, закрепление известных ингибиторов DENV на сайтах Zika NS5 и модели машинного обучения (ML) для определения приоритетов лучших результатов. Он обнаружил 156 соединений, о которых сообщалось, что они являются ингибиторами денге NS5, которые были закреплены на сайтах Zika NS5 и оценены моделями ML. Двадцать два соединения были отобраны как демонстрирующие наилучшие результаты. Затем он выполнил аналогичный поиск с попаданиями в коммерческую базу данных (электронные молекулы) и проверил похожие соединения с помощью стыковочных и ML-фильтров. 67 виртуальных хитов для Zika NS5 будут проверены с помощью клеточных тестов Zika.
(Команда OpenZika LabMol: Мелина, Каролина, Бруна и Пауло в лаборатории в Федеральном университете Гояс, Бразилия (весна 2019 г.))
(Сотрудничество Pharmeceuticals (слева направо): Шон Экинс, Дэниел Фоил, Кимберли Цорн, Ана Пухл Рубио, Дженнифер Кляйн, Мэгги Хапси, Томас Лейн, Андреа Барри (бизнес-консультант))
В лаборатории д-ра Экинса Ким и Дэниел (см. выше) участвовали в оценке соединений для проектов OpenZika с нашими моделями машинного обучения, разработанными для разных наборов данных. Сотрудничество Фармацевтические препараты продолжают бороться с забытыми болезнями, сотрудничая с учеными всего мира. Если вы заинтересованы в сотрудничестве с нами, пожалуйста, свяжитесь с sean@collaborationspharma.com.
Мы невероятно благодарны всем волонтерам, которые тратят свое неиспользованное компьютерное время на этот проект! Большое спасибо!!
https://link.springer.com/article/10...095-018-2558-3
https://brazmedchem.org/
https://doi.org/10.1016/j.drudis.2018.06.014
http://www.scielo.br/pdf/bjps/v54nsp...spe-e01002.pdf
http://www.cell-symposia.com/emerging-viruses-2017/
http://journals.plos.org/plosntds/ar...l.pntd.0005023
https://f1000research.com/articles/5-275/v1
http://www.sciencedirect.com/science...34X?via%3Dihub
http://www.acs.org/bostoninfo
Нажмите на изображение для увеличения
Название: Open-Zika-Fig-1-copy.jpg
Просмотров: 7
Размер:	84.0 Кб
ID:	55374

Нажмите на изображение для увеличения
Название: Open-Zika-Fig-2.jpg
Просмотров: 9
Размер:	47.7 Кб
ID:	55375

Нажмите на изображение для увеличения
Название: Open-Zika-Pic-1.jpg
Просмотров: 8
Размер:	59.9 Кб
ID:	55376

Нажмите на изображение для увеличения
Название: Open-Zika-Pic-2.jpg
Просмотров: 9
Размер:	46.9 Кб
ID:	55377
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Ответ Создать новую тему

Опции темы
Опции просмотра

Ваши права в разделе
Вы не можете создавать новые темы
Вы не можете отвечать в темах
Вы не можете прикреплять вложения
Вы не можете редактировать свои сообщения

BB коды Вкл.
Смайлы Вкл.
[IMG] код Вкл.
HTML код Выкл.

Быстрый переход


Текущее время: 08:42. Часовой пояс GMT +3.


Powered by vBulletin® Version 3.8.4
Copyright ©2000 - 2019, Jelsoft Enterprises Ltd. Перевод: zCarot
Copyright © 2000-2017 3DNews. All Rights Reserved.
Администрация 3DNews требует соблюдения на форуме правил и законов РФ
Серверы размещены в Hostkey