Форум 3DNews
Вернуться   Форум 3DNews > Разное > Флейм > Тематический околокомпьютерный флейм

Ответ Создать новую тему
Опции темы Опции просмотра
Непрочитано 01.04.2020, 14:22   [включить плавающее окно]   #341
InFakes
Мужской Модератор
 
Аватар для InFakes
 
Регистрация: 02.06.2013
Адрес: Златоуст
Цитата (Yura12) »
поскольку два других Folding@Home и Rosetta@Home сейчас и так сильно перегружены
Задания есть, так что нормально всё там Если надумаете - 47191 TSC! Russia велкам)
__________________
Jingsha X79-P3|E5-2630v2|Samsung 16Gb 1600 МГц|Palit GTX1070Ti 8Gb|Samsung 860 Evo 240GB|Proton 500|LG L1920P
InFakes вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 01.04.2020, 20:09   [включить плавающее окно]   #342
Yura12
Мужской Начинающий
 
Регистрация: 09.01.2007
Адрес: Петрозаводск
Yura12
Так нашли жизнь на марсе или нет?
Пока проект ещё не завершён. (Пока только не выдаются новые задания). Далее будут ещё обрабатываться, анализироваться результаты расчётов. И как говорилось на их сайте - делаться научные публикации.
Yura12 вне форума  
Ответить с цитированием
Непрочитано 01.04.2020, 20:25   [включить плавающее окно]   #343
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Yura12
Там нечего обрабатывать, поскольку нет технических средств для реального поиска иных цивилизаций.
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 03.04.2020, 23:09   [включить плавающее окно]   #344
Lazy_Cat
Мужской Умудрённый
 
Аватар для Lazy_Cat
 
Регистрация: 25.07.2010
Адрес: Санкт-Петербург
...нет технических средств для реального поиска иных цивилизаций.
А как же гадание на информационной гуще из нулей и единиц?
__________________
Scio me nihil scire.
Lazy_Cat вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 04.04.2020, 07:33   [включить плавающее окно]   #345
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Метагеномика помогла предсказать структуры для 614 семейств белков

Метагеномика помогла предсказать структуры для 614 семейств белков

Третичные структуры белков: в каждой паре слева стоит предсказание компьютерной модели, а справа — экспериментально установленная структура.
Изображение: Sergey Ovchinnikov et al./ Science
Международный коллектив ученых из США и Саудовской Аравии при помощи нескольких вычислительных методов и анализа метагеномных последовательностей предсказал трехмерные структуры 614 белковых семейств, для которых этого ранее не удавалось сделать экспериментально. Исследование опубликовано в Science.

Исследование структуры белков остается одной из самых востребованных задач в современной молекулярной биологии, так как все функции белков, параметры их взаимодействий друг с другом и прочими веществами так или иначе определяются именно пространственной структурой. Несмотря на то, что первичную структуру (последовательность аминокислот в цепи) узнать сравнительно нетрудно, восстановление из нее третичной структуры (как именно белок свернут в пространстве) оказывается крайне сложной вычислительной задачей. Экспериментально для ее решения применяются методы рентгеноструктурного анализа или спектроскопия ядерного магнитного резонанса, однако далеко не во всех случаях с их помощью удается установить структуру того или иного белка.

Одним из подходов к решению этой проблемы является гомологическое моделирование. Гомологами называют белки, имеющие общее происхождение и поэтому обладающие схожими фрагментами в аминокислотной последовательности. Два белка-гомолога обычно обладают похожей пространственной структурой за исключением небольшого числа отличающихся участков, которые уже не так сложно разрешить. Проблемой этого метода остается тот факт, что для многих белковых семейств структура не известна, поэтому нет такого гомолога, с которым можно было бы сравниться.

Пример, как анализ последовательности ДНК из коэволюционирующих организмов помогает уточнить карту взаимодействий аминокислотных радикалов.
Изображение: David de Juan et al./ Nature Reviews
В том случае, когда о структуре целевого белка не известно практически ничего, для ее предсказания применяются вычислительные методы, которые пытаются хотя бы угадать третичную структуру на основе аминокислотной последовательности. Для этого необходимо учесть все взаимодействия между всеми боковыми аминокислотными радикалами, а затем найти такую конфигурацию цепи, при которой энергия этих взаимодействий минимальна. Эта задача, если подходить к ней методом перебора, практически неразрешима даже на современных суперкомпьютерах за счет огромного числа вариантов укладки цепи. Однако это число можно значительно уменьшить, если учесть многие локальные особенности, характерные для большинства белковых цепей. Например, можно построить «карты», указывающие на то, какие аминокислоты часто находятся рядом, а какие — наоборот, стремятся оттолкнуться.
Недавно исследователями был предложен один из самых эффективных методов уменьшения пространства перебора укладки белковой цепи, который основан на анализе мутантных гомологичных последовательностей. Идея метода заключается в том, что довольно часто случайные мутации аминокислот в белковой цепи сопровождаются возникновением других, компенсаторных мутаций, которые нивелируют негативный эффект исходной мутации. Например, появление в цепи аминокислоты с крупным боковым радикалом может компенсироваться уменьшением размера радикала в соседней области, что позволяет сохранить общую укладку цепи. Такая ко-эволюция в белковой последовательности может указывать на то, что мутированные аминокислоты скорее всего контактируют друг с другом в пространстве. Такая информация существенно упрощает компьютерным системам перебор возможных вариантов структуры.
Этот подход ученые уже использовали для моделирования нескольких белковых структур (1,2,3), однако до сих пор он был ограничен последовательностями из известных баз данных. Авторы нового исследования предложили учитывать при компьютерном предсказании структуры неизвестного белка результаты метагеномных анализов. Метагеномика подразумевает секвенирование всей выделенной из какого-либо живого сообщества ДНК (это могут быть образцы морской воды, содержимого кишечника и т.д.), что позволяет узнать последовательности гораздо большего числа микроорганизмов, чем можно вырастить в лаборатории. При анализе белковых последовательностей такой подход хорош еще и тем, что в «дикой» микробной экосистеме одновременно присутсвует большое число близких видов, имеющих различные компенсаторные мутации.

Третичные структуры белков, предсказанные с помощью нового метода.
Изображение: Sergey Ovchinnikov et al./ Science
Применив новый метод к известным аминокислотным последовательностям, ученым удалось предсказать ранее не описанные структуры для белков из 614 семейств, среди которых 206 были мембранными белками (их структуры биологам традиционно даются существенно тяжелее). Многие из предсказанных структур удалось отнести к уже известному типу третичной структуры, однако для 137 белков поиск по крупнейшей специализированной базе Protein Data Bank не дал результатов, то есть они представляли собой новые типы свертки (новые фолды).

Авторы отмечают, что их результаты описывают около 12 процентов от всех белковых семейств, для которых известна первичная, но не определена третичная структура. Тем не менее, остается еще большое число неописанных структур, которые, как полагают ученые, удастся предсказать на основании метагеномных данных.

Тарас Молотилин
www.Boinc.ru
Нажмите на изображение для увеличения
Название: 6e7bb4eb3f61105207c94f885b5d49a1.jpg
Просмотров: 29
Размер:	153.8 Кб
ID:	57251

Нажмите на изображение для увеличения
Название: 44d716eb3f8a3c97db93391fe6567b34.jpg
Просмотров: 30
Размер:	69.3 Кб
ID:	57252

Нажмите на изображение для увеличения
Название: 3045471cd0bf60d559d276a6e6da3f6b.jpg
Просмотров: 27
Размер:	102.3 Кб
ID:	57253
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 04.04.2020, 10:38   [включить плавающее окно]   #346
Zagadnik
Мужской Умудрённый
 
Аватар для Zagadnik
 
Регистрация: 12.11.2012
Адрес: Алтай
Только ни одного упоминания F@H в статье я не увидел...
А картинки красивые, похожие крутил F@H. Полюбоваться можно.
__________________
Поставил на SSD Windows 10, грузится быстро, почти, как Win98 без драйверов. (c) Freevad
Zagadnik вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 05.04.2020, 17:31   [включить плавающее окно]   #347
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
ФЕРМИ ГАММА-ЛУЧШИЙ ПОИСК ПУЛЬСАРОВ

ФЕРМИ ГАММА-ЛУЧШИЙ ПОИСК ПУЛЬСАРОВ

Что такое нейтронная звезда?

Сечение нейтронной звезды. Плотности выражаются в ρ0 плотности ядерной материи насыщения, где нейтроны начинают касаться друг друга.

Когда массивная звезда использовала все свое ядерное топливо для производства энергии, она взрывается в сверхновой. В этом процессе внешние слои бывшей звезды разрушаются, в то время как ядро разрушается под действием собственного веса. Ядро звезды сжимается настолько, что протоны и электроны в нем объединяются, превращаясь в нейтроны (и нейтрино). Полученный объект называется нейтронной звездой. Если нейтронная звезда весит более двух или трех солнечных масс, она коллапсирует дальше и образует черную дыру.

Нейтронные звезды - экзотические объекты. Они состоят из вещества, гораздо плотнее упакованного, чем обычно, что дает всей звезде плотность, сравнимую с атомным ядром. Диаметр нашего Солнца уменьшился бы до 30 километров, если бы он был таким плотным. Нейтронные звезды также вращаются вокруг себя до сотни раз за одну секунду.

Что такое пульсар?

Нейтронные звезды имеют чрезвычайно сильные магнитные поля. Заряженные частицы, ускоренные вдоль силовых линий, испускают электромагнитное излучение на разных длинах волн. Это излучение связано в конус вдоль оси магнитного поля. Когда нейтронная звезда вращается вокруг своей оси вращения, конусы излучения проникают через небо, как луч маяка, потому что ось вращения обычно наклонена относительно оси магнитного поля. Нейтронная звезда становится видимой как пульсар, если лучи проносятся над Землей. Пульсары вращаются от одного раза в несколько секунд до одного раза за миллисекунды. Эти периоды вращения могут быть очень стабильными с точностью, которая помещает их в число самых точных часов во Вселенной.

Первый пульсар был обнаружен в 1967 году Джоселин Белл Бернелл на радиоволнах. В настоящее время мы знаем более 2500 таких радиопульсаров. Но пульсары были обнаружены и на других длинах волн. Мы знаем много рентгеновских и гамма-пульсаров, поскольку было замечено несколько оптических пульсаций. Ученые наблюдали много пульсаров на нескольких длинах волн, но некоторые пульсары остаются необнаруженными в частях электромагнитного спектра. В некоторых случаях ученые уже могут объяснить, почему определенный пульсар излучает в одной части спектра, а не в другой. Однако еще не все механизмы, которые регулируют излучение в различных частотных диапазонах, полностью понятны.

Почему некоторые пульсары видны в радиоволнах, а другие в гамма-лучах?

Пульсар гамма-излучения - это компактная нейтронная звезда, которая ускоряет заряженные частицы до релятивистских скоростей в своем чрезвычайно сильном магнитном поле. Этот процесс производит гамма-излучение (фиолетовое) намного выше поверхности компактных остатков звезды, например, в то время как радиоволны (зеленого цвета) излучаются над магнитными полюсами в форме конуса. Вращение перемещает области эмиссии через наземную линию видимости, заставляя пульсар периодически светиться в небе.

Впечатление художника о пульсаре, излучающем радиоволны (зеленые) и гамма-лучи (пурпурный). кредит: НАСА / Ферми / Крус де Уайлд

Правдоподобным объяснением того, почему некоторые пульсары видны как гамма-пульсары, а не как радио пульсары, может быть то, что радиоволны с более низкой энергией связаны в более узком конусе на магнитных полюсах, чем высокоэнергетическое гамма-излучение. Поскольку излучение в основном испускается вдоль поверхности конуса, а волны разной длины излучаются в конусах с разным распространением, радиоволны и гамма-волны покидают нейтронную звезду в разных направлениях. Таким образом, пульсар может стать видимым как гамма-излучение или радио пульсар для удаленного наблюдателя (в зависимости от того, какой конус проходит через положение наблюдателей).
Другая модель имеет гамма-излучение, возникающее не в полярных областях магнитного поля, а в экваториальной плоскости, где линии поля нарушаются. Тогда, конечно, пульсар может просто не излучаться в гамма-лучах или радио по сути. Поэтому очень важно наблюдать как можно больше пульсаров на всех длинах волн, чтобы лучше понять эти механизмы.

Для некоторых пульсаров в двоичных файлах возможно другое объяснение. Если энергетическое излучение пульсара попадает на спутник, материал поверхности спутника сдувается. Материал затем плавает в окружении двойной системы. Радиоволны легко блокируются этим, в то время как гамма-лучи обычно не затрагиваются.

Какие данные используются Einstein@Home?

На этой компьютерной графике показана структура спутника НАСА Fermi. Центральная приборная платформа в форме коробки лежит между солнечными батареями. Большой телескоп, данные которого оценивали астрономы, скрыт под черной крышкой, видимой сверху.

Наблюдения за небом в гамма-лучах с очень высоким временным разрешением проводятся с помощью телескопа большой площади (LAT) на борту космического телескопа гамма-излучения Fermi НАСА. Спутник вращается вокруг Земли каждые 95 минут на низкой орбите ок. 560 километров над землей, при этом LAT всегда почти идеально обращен от Земли.

LAT может обнаружить отдельные фотоны гамма-излучения, их энергию (в диапазоне от 20 МэВ до 300 ГэВ), направление, из которого они пришли (до менее чем градуса) и когда они прибыли (до нескольких микросекунд). В любой момент времени LAT «видит» около пятой части всего неба. Орбитальное движение спутника и Земли, а также раскачивающее движение спутника гарантируют, что LAT покрывает все небо после двух орбит. Все данные становятся общедоступными в течение нескольких часов для всех. Карты неба и исходные каталоги создаются и регулярно обновляются с помощью данных LAT, полученных в течение более длительного времени (года).

Ученые Einstein@Home выбрали самые «похожие на пульсар» объекты на основе их распределения энергии гамма-лучей в качестве целей из более чем 1000 неопознанных источников в каталоге источников Fermi-LAT. Для 118 выбранных источников они использовали новые высокоэффективные методы анализа обнаруженных фотонов гамма-излучения на наличие скрытых периодичностей. Это поиск гамма-пульсаров Ферми (сокращенно: FGRP).

К настоящему времени исследователи из Einstein@Home также отобрали три источника, которые выглядят как «пульсары» и где другие наблюдения указывают на то, что они находятся в двойных системах. В сочетании с оптическими наблюдениями этих систем (см. «Как Эйнштейн@Home ищет гамма-пульсары в двойных системах?» Ниже), Эйнштейн@Home ищет гамма-пульсары в двойных системах. Всякий раз, когда новые оптические наблюдения указывают на двойную систему для источника гамма-излучения, подобного пульсару, он выбирается, и съемка расширяется. Это гамма-пульсары Ферми в бинарных файлах (сокращение: FGRPB).

Почему так сложно найти гамма-пульсары?

Все небо гамма-лучей, как видно из телескопа большой площади Ферми. Цвета показывают интенсивность гамма-излучения в полосе обнаружения Ферми.

Найти периодические пульсации от гамма-пульсаров очень сложно, особенно от очень быстрых миллисекундных пульсаров. В среднем только 10 фотонов в день регистрируются из типичного пульсара с помощью LAT на борту космического корабля Fermi. Для выявления периодичности необходимо проанализировать данные за годы, в течение которых пульсар может вращаться десятки миллиардов раз. Для каждого фотона необходимо точно определить, когда в течение одного периода вращения в миллисекундах он испускался. Это требует поиска по длинным наборам данных с очень хорошим разрешением, чтобы не пропустить ни одного сигнала. Вычислительная мощность, необходимая для этих «слепых поисков», когда информация о пульсаре практически неизвестна, огромна.

Что нового в поиске гамма-пульсаров в Einstein@Home?

Новые методы, использованные в обзоре Einstein@Home, улучшают чувствительность поиска, не увеличивая связанные с этим вычислительные затраты. Они состоят из начальной стадии поиска, более чувствительной, чем в предыдущих поисках гамма-излучения Einstein@Home. Эта начальная стадия поиска производит много перспективных кандидатов. Затем они сопровождаются еще более чувствительной второй стадией, которая увеличивает масштаб и сужает неопределенность в физических свойствах пульсара. Последний этап поиска выполняется не на Einstein@Home, а на компьютерном кластере Atlas в Институте гравитационной физики им. Макса Планка (Институт Альберта Эйнштейна) в Ганновере.

В последние годы все открытия в области слепого поиска гамма-излучения были сделаны Einstein@Home. Всего Einstein@Home уже обнаружил 23 новых гамма-пульсара, что составляет более трети всех таких объектов, обнаруженных в результате слепых поисков.

Почему так трудно найти гамма-пульсары в двойных системах?

Чтобы однозначно идентифицировать гамма-пульсар, его свойства должны быть известны с очень высокой степенью точности. Только тогда астрономы могут определить фазу вращения, при которой каждый из гамма-квантов испускался пульсаром. И только тогда гамма-пульсация может быть обнаружена, без сомнения. Ни одно из соответствующих свойств пульсара, таких как его положение в небе, его частота вращения и то, как это изменяется, а также параметры орбиты двойной системы, априори не известны.

Исследователи должны проверить множество комбинаций этих свойств в слепом поиске. Количество возможных комбинаций особенно велико, поскольку бинарные пульсары часто вращаются с очень высокими частотами. Если бы ученые сразу же искали данные Ферми за несколько лет, число возможных комбинаций было бы настолько велико, что необходимые вычислительные усилия сделали бы практическую реализацию невозможной.

Как Einstein@Home ищет гамма-пульсары в двойных системах?

Новый метод анализа разбивает полный набор данных на более короткие перекрывающиеся участки. Каждый из разделов теперь можно искать отдельно; индивидуальные результаты затем объединяются оптимальным образом. В целом, этот метод поиска почти так же чувствителен, как и поиск по всем данным, полученным с 2009 года, за один прогон. Если в определенной комбинации параметров обнаружен многообещающий сигнал, полный набор данных можно очень быстро проверить с помощью этой комбинации.

Ключ заключается в том, чтобы распределять комбинации параметров настолько разумно, насколько это возможно, чтобы любой сигнал был найден с максимально возможной вероятностью, и чтобы избежать ненужных вычислений. В новом методе анализа используется алгоритм, который адаптивно улучшает комбинации параметров, также называемые точками сетки, чтобы покрыть общее пространство параметров при минимальных затратах на вычисления.

Кроме того, наблюдения с оптическими телескопами используются для максимально возможного ограничения диапазона неизвестных параметров. Например, глядя на изменения яркости у разных цветов предполагаемого спутника гамма-излучения пульсара, можно узнать о свойствах орбиты пульсара и получить хорошие оценки того, где пульсар находится на своей орбите в какой момент времени. насколько велика орбита и каков ее угол к линии обзора. Эти оценки помогают значительно ускорить поиск Einstein@Home.

Что происходит, когда ваш компьютер обнаруживает пульсар?

Если анализ определенного набора рабочих узлов выглядит многообещающе и показывает явные или слабые признаки неизвестного гамма-лучевого пульсара, дальнейший последующий анализ всех существующих данных Ферми проводится для подтверждения существования пульсара. Способы отслеживания более вычислительно интенсивны, чем методы поиска, но также более чувствительны и, таким образом, способны определить, является ли многообещающий кандидат пульсаром.

При обнаружении пульсаций строится математическая модель (называемая «временным решением»). Он точно предсказывает время прибытия каждого отдельного импульса в течение многих лет наблюдений Fermi LAT. Модель синхронизации может быть использована для извлечения астрофизической информации о пульсаре (и для бинарного пульсара также о его спутнике).

Горстка пользователей, на чьих компьютерах был проведен первоначальный анализ данных и которые нашли кандидата с самой высокой значимостью, будет зачислена в раздел признаний в статье о научных открытиях.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru/

Нажмите на изображение для увеличения
Название: 1024px-Neutron_star_cross_section.svg_.png
Просмотров: 23
Размер:	140.5 Кб
ID:	57269

Нажмите на изображение для увеличения
Название: 230231main_glast-hires3.jpeg
Просмотров: 21
Размер:	211.2 Кб
ID:	57270

Нажмите на изображение для увеличения
Название: pulsar_illustration.jpg
Просмотров: 20
Размер:	94.2 Кб
ID:	57271

Нажмите на изображение для увеличения
Название: skymap.jpg
Просмотров: 22
Размер:	71.6 Кб
ID:	57272
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 11.04.2020, 15:36   [включить плавающее окно]   #348
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Подпроект OpenZika из World Community Grid выдал последнюю партию заданий.

Подпроект OpenZika из World Community Grid выдал последнюю партию заданий.

Ранее [ https://vk.com/wall-34590225_286 ], уже говорилось о том, что подпроект OpenZika близок к завершению этапа масштабных вычислений, во время которого выполнялся поиск веществ, которые могли бы лечь в основу лекарств от лихорадок Зика и Денге. И, судя по всему, этот конец достигнут - [ https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewpos.. ]. Далее - дополнительные исследования перспективных соединений. Если среди них окажутся те, что можно использовать для лечения (ведь вещество-кандидат может оказаться таким, что будет уничтожать не только вирус, но и возможного пациента - сначала надо оценить насколько оно безопасно), то затем в дело вступят лаборатории с колбами, мензурками и экспериментами "в стекле". Если оставшиеся соединения-кандидаты пройдут и этот отбор - то работа пойдёт дальше, включая клинические испытания и, возможно - завершится готовым лекарством!

Мы - участники распределённых вычислений, на ещё одном участке, сделали своё дело! Более 84000 лет нашего процессорного времени (CPU Time) перемололи 8.5 миллиардов подзадач моделирования, разными способами, упакованными в рассылавшихся заданиях! В среднем - около 75 лет CPU за каждый день вычислений, что примерно равно суперкомпьютеру с ~ 27375 тысяч ядер/потоков и, к примеру, сопоставимо со вторым по мощности суперкомпьютером России, установленном в Росгидромеде [http://top50.supercomputers.ru/systems/4574] в 2018 году. В нём - 35136 ядер и 70272 потока (если включен HyperThreading).

Теперь - дело за исследователями в лабораториях. Пожелаем же им удачи!

World Community Grid - View Thread - OpenZika Project Update - July 2019 (News on Project Ending)

www.worldcommunitygrid.org

Нажмите на изображение для увеличения
Название: 34.png
Просмотров: 25
Размер:	110.4 Кб
ID:	57310

Нажмите на изображение для увеличения
Название: ZbQznMudrNkMRcU-800x450-noPad.jpg
Просмотров: 23
Размер:	60.9 Кб
ID:	57311
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 12.04.2020, 10:53   [включить плавающее окно]   #349
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Проект Illustris

Проект Illustris представляет собой крупное космологическое моделирование формирования галактики, выполненное в конце 2013 года с использованием современного цифрового кода и всеобъемлющей физической модели. Опираясь на несколько лет усилий участников совместной работы, симуляция Illustris представляет собой беспрецедентную комбинацию высокого разрешения, общего объема и физической точности. Страница About содержит подробные описания проекта, как для широкой общественности, так и для исследователей в этой области.

https://www.illustris-project.org/

На этом веб-сайте мы представляем научную мотивацию проекта, список участников совместной работы, ключевые результаты и ссылки, фильмы и изображения, созданные на основе данных моделирования, информацию о доступе к общедоступным данным и инструменты для интерактивного исследования данных. Краткое видео ниже представляет собой сборник, сделанный из некоторых фильмов, доступных на странице «Медиа», где доступно много дополнительных визуализаций.

https://youtu.be/NjSFR40SY58
- Сотрудники Illustris

Взято отсюда: https://boinc.ru/forum/
Нажмите на изображение для увеличения
Название: illustris_box_dmdens_gasdens_sm.jpg
Просмотров: 22
Размер:	95.5 Кб
ID:	57313

Нажмите на изображение для увеличения
Название: illustris_massive_galaxies_evolution_stars_gas_sm.jpg
Просмотров: 24
Размер:	59.9 Кб
ID:	57314

Нажмите на изображение для увеличения
Название: illustris_moviethumb_dome180mono_2k_gastemp.jpg
Просмотров: 24
Размер:	84.8 Кб
ID:	57315

Нажмите на изображение для увеличения
Название: illustris_moviethumb_sb0_shocks.jpg
Просмотров: 21
Размер:	97.2 Кб
ID:	57316

Нажмите на изображение для увеличения
Название: illustris_moviethumb_stars_rho_temp_met_2264.png
Просмотров: 25
Размер:	181.4 Кб
ID:	57317
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 18.04.2020, 12:42   [включить плавающее окно]   #350
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Исследование картирования маркеров рака, анализирующие данные рака легких.

Исследование картирования маркеров рака, анализирующие данные рака легких.

СПОЙЛЕР »
Исследовательская группа по картированию онкологических маркеров
31 января 2020 г.
Резюме
В этом всеобъемлющем обновлении команда «Картографирование маркеров рака» обсуждает прошлое (рак легких), настоящее (рак яичников) и будущее (саркома) проекта.
Фон https://www.worldcommunitygrid.org/r...m1/overview.do
Проект «Картирование маркеров рака» (MCM) был разработан для выявления маркеров, связанных с различными типами рака, и путем уточнения процесса идентификации этих маркеров, для более эффективной идентификации таких биомаркеров для других заболеваний. Мы стремились проанализировать несколько наборов данных о раке, чтобы выявить потенциальные биомаркеры для этих раковых заболеваний, которые могли бы в конечном итоге помочь ученым и врачам раньше выявлять раковые заболевания и создавать персонализированные методы лечения. Первые три набора данных в плане MCM - это легкие, яичники и саркома, представляющие прошлое, настоящее и будущее MCM. Обработка легких завершена. Идет обработка маркера яичников, но он близок к завершению. Сейчас мы готовимся к переходу на саркому.
Обработка набора данных в Grid World Community за месяцы и годы приводит к огромному количеству данных, и эти данные не могут использоваться напрямую, но затем их необходимо сопоставлять, фильтровать и анализировать различными способами. Мы сосредоточились на этом шаге постобработки в нашей лаборатории.
В этом обновлении мы в основном обсудим некоторые работы, выполненные с обработанным набором данных легких, но сначала мы взглянем на будущее.
Последние приготовления к саркоме
Предстоящий набор данных по саркоме будет самым сложным на сегодняшний день. Он содержит потенциальные биомаркеры, взятые из нескольких источников: измерения активности РНК, ДНК и белка, мутации и другие биологические условия.
С такой подробной информацией о каждом образце в наборе данных потребовалось некоторое усилие, чтобы уменьшить набор данных и размеры результатов до практических уровней. В настоящее время мы тестируем рабочие единицы нашего чернового набора данных и планируем работу.
В следующем обновлении будет объявлено о запуске новой фазы проекта MCM, сосредоточенной на саркоме, и будет предоставлено больше подробностей.
Результаты из набора данных легких
Биомаркеры в наборе данных легких МСМ измеряют активность тысяч генов. В совокупности эти биомаркеры охватывают большую часть человеческого генома. Большая часть работы с легкими MCM обрабатывается с помощью опросных подписей World Community Grid, случайным образом взятых из всего набора биомаркеров. Более короткая вторая фаза легкого MCM привлекала подписи от оптимизированных подмножеств этих биомаркеров.
Вклад вычислительных циклов в проект был экстраординарным. Члены World Community Grid обработали 4,5 триллиона кандидатов на рак легкого в основной фазе легкого MCM, 220 миллиардов в начальной экспериментальной фазе и 1,6 триллиона сигнатур в фазе оптимизации.
Мы обсудим некоторые выводы из основной фазы легкого MCM в этом обновлении.
Вопрос о размере подписи
MCM рака легких обследовал подписи нескольких размеров. Размеры варьировались от 5 биомаркеров до 100, при этом наибольшее внимание уделялось сигнатурам в диапазоне от 10 до 20 биомаркеров. Чтобы сигнатура рака успешно применялась в клинической практике, размер сигнатуры является компромиссом между диагностической силой, сложностью и стоимостью. Каждый биомаркер потенциально может добавлять диагностическую информацию к сигнатуре, повышая точность, но слишком большое количество биомаркеров также может добавлять шум и излишне увеличивать стоимость и сложность для практического использования в клинике.
На рисунке ниже показано влияние размера подписи на пиковую точность. Почти для любого размера сигнатура, построенная из случайно выбранных биомаркеров, будет иметь низкую точность, но, протестировав достаточное количество таких сигнатур, а затем посмотрев на точность верхней фракции (скажем, верхней 0,01%), мы увидим эффект, производимый размер подписи. Тщательно разработанные подписи должны достигать той же точности, используя меньше биомаркеров.
Рисунок 1А
Рисунки 1A и 1B: Размер влияет на потенциальную точность подписи. (A) Распределение баллов по успешным сигнатурам разных размеров. (B) Присмотритесь к влиянию размера точности оценки. Пиковая точность находится в сигнатурах между 40-80 биомаркерами.
Какие биомаркеры наиболее успешны?
В основной фазе легкого MCM сигнатуры были построены из биомаркеров, выбранных случайным образом из набора данных. Таким образом, у каждого биомаркера была одинаковая вероятность появления в каждой новой подписи. Это, однако, не означает, что все биомаркеры одинаково полезны - как мы уже говорили выше, случайная сигнатура, скорее всего, будет иметь низкую точность. Однако, если мы берем только самую точную часть подписей и видим, какие биомаркеры они содержат, мы видим, что несколько биомаркеров появляются часто, а остальные относительно редко. (Мы можем даже заметить закономерности в том, что определенные группы биомаркеров появляются вместе, как мы обсуждали в предыдущем обновлении.) Затем мы можем определить, насколько эффективен или полезен каждый биомаркер из того, как часто он появляется в этих главных сигнатурах.
Рисунок 2: По мере увеличения размера подписи мы видим уменьшение количества генов, обогащенных любым фактором (например, в 5 раз выше нормы).
Проанализировав полный набор результатов MCM в легких, мы можем подтвердить эффект, который мы заметили в предыдущих предварительных исследованиях: эффективность каждого биомаркера зависит от размера сигнатуры, по-разному влияя на каждый биомаркер. На рисунке ниже показан эффект для некоторых самых популярных биомаркеров.
Рисунок 3
Рисунок 3: Размер сигнатуры рака легких определяет, насколько полезным может быть биомаркер. По мере роста размера подписи отдельные биомаркеры могут стать более или менее эффективными.
Обогащение пути среди лучших биомаркеров
Чтобы получить более высокое представление о биомаркерах, обнаруженных в наборе данных легких, мы исследовали их с точки зрения пути. Путь - это группа генов, которые взаимодействуют для выполнения одной и той же биологической функции. Мы поместили списки лучших биомаркеров в базу данных pathDIP нашей лаборатории [1], [2]. pathDIP представляет собой комплексную интегрированную базу данных известных путей (сигнальных каскадов), и, учитывая список генов, он найдет все пути, связанные с любым геном в списке. Наиболее полезно, он будет измерять обогащение каждого пути в вашем списке генов - степень, в которой путь имеет соединение выше среднего с вашим списком. Используя такой анализ, мы стремимся найти биологически значимую интерпретацию наших идентифицированных биомаркеров.
На рисунке ниже показаны результаты работы pathDIP.
Рисунок 4 http://ophid.utoronto.ca/pathDIP/
При большом количестве размеров подписи pathDIP постоянно находил пять путей, обогащенных в наших списках генов:
Циклофосфамидный путь, фармакодинамика
Путь ифосфамида, фармакодинамика
Окисление этанола
Омега окисление жирных кислот
Регуляторный путь окислительного стресса (эритроцит)
Все пять обогащенных путей связаны с обменом веществ, что означает распад химических веществ в организме. Любопытно, что первые два пути связаны конкретно с метаболизмом химиотерапевтических препаратов, циклофосфамида и ифосфамида. Последние три относятся либо к окислению, либо к предотвращению окислительного стресса (свободных радикалов) в эритроцитах.
Использование ресурса генной онтологии для описания лучших биомаркеров
(http://geneontology.org/ )
Мы можем получить соответствующее представление из Ресурса генной онтологии (GO). GO классифицирует каждый ген с трех разных точек зрения: биологический процесс, молекулярная функция и клеточный компонент. На рисунках ниже показаны термины в категориях GO, которые часто встречаются в топ-1% биомаркеров.
Рисунок 5
Рисунок 6
Рисунок 7
Многие термины отражают темы, обнаруженные в путях: окисление, алкоголь и химию эритроцитов.
Заглядывая вперед
Мы находимся в процессе расширения и объединения нескольких дополнительных анализов данных легких основной фазы и существенных анализов результатов легких второй фазы. После этого данные яичников ждут. Для яичников, некоторые из тех же методов будут применяться, но некоторые должны быть адаптированы, а некоторые нам нужно будет разработать.
Короче говоря, проект MCM будет долгое время занимать нас. Тем временем, мы хотели бы поблагодарить вас за ваш интерес и за щедрое пожертвование вычислительной мощности в этот и другие проекты World Community Grid. Мы будем предоставлять обновления чаще сейчас.

Нажмите на изображение для увеличения
Название: mcm_fig1a.jpg
Просмотров: 32
Размер:	54.5 Кб
ID:	57348

Нажмите на изображение для увеличения
Название: mcm_fig1b.jpg
Просмотров: 27
Размер:	82.6 Кб
ID:	57349

Нажмите на изображение для увеличения
Название: mcm_fig2.jpg
Просмотров: 30
Размер:	66.7 Кб
ID:	57350

Нажмите на изображение для увеличения
Название: mcm_fig3.jpg
Просмотров: 28
Размер:	102.5 Кб
ID:	57351

Нажмите на изображение для увеличения
Название: mcm_fig4.jpg
Просмотров: 31
Размер:	110.5 Кб
ID:	57352
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 19.04.2020, 08:58   [включить плавающее окно]   #351
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Персона грата

Персона грата
Что мы представляем, думая о распределенных вычислениях? С чем они у нас ассоциируются? Пожалуй, с компьютерами, проектами, научными исследованиями и прочей сухой «математикой». И, вероятно, большинство из нас редко задумывается о том, что распределенные вычисления — это прежде всего ЛЮДИ:
• Те люди, которые задумывают и создают проекты …
• Те люди, которые участвуют в расчетах и своими компьютерными мощностями поддерживают проекты …
• Те люди, которые объединяются в команды для совместного счета и общения. и кто создаёт эти команды …
• Те люди, которые тратят свое свободное время на создание статистических сайтов, привлекающие на своей странице сотни тысяч любителей этого увлекательного занятия — распределенных вычислений …
Нам захотелось напомнить всем нам (и себе в том числе), об этой стороне нашего увлечения. На этой странице Вы найдете информацию «из первых рук», которую предоставили значимые в РВ персоны. Тут есть интервью, которые они дали специально для сайта BOINC.RU, есть переводы подобных интервью другим сайтам, есть переводы их собственный монологов и рассказов о себе, мнений об отдельных проектах. Мы постарались собрать все их в одном месте и надеемся, что Вам это понравится.
Читайте, думайте. обсуждайте …
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
Нажмите на изображение для увеличения
Название: rpNv_-ei9rc.jpg
Просмотров: 25
Размер:	83.4 Кб
ID:	57367
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 19.04.2020, 13:07   [включить плавающее окно]   #352
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Цитата (SETI_home_v8) »
Что мы представляем, думая о распределенных вычислениях? С чем они у нас ассоциируются?
С мошенничеством. С халявной эксплуатацией чужих вычислительных ресурсов без какой-либо отдачи. С получением грантов и финансирования, да прикарманиванием их, поскольку использование чужих мощностей не оплачивается.
Вроде ответил на вопросы -) Спрашивайте ещё
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 19.04.2020, 17:44   [включить плавающее окно]   #353
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
С мошенничеством. С халявной эксплуатацией чужих вычислительных ресурсов без какой-либо отдачи. С получением грантов и финансирования, да прикарманиванием их, поскольку использование чужих мощностей не оплачивается.
Вроде ответил на вопросы -) Спрашивайте ещё
ну откуда столько скепсиса...)
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 19.04.2020, 22:39   [включить плавающее окно]   #354
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
SETI_home_v8
Из длительных наблюдений за этим непотребством. Года с 2001 слежу за темой, сам участвовал в Folding@Home, когда вся эта ботва ещё на одних процах крутилась, как тогда они типа искали что-то в белках, связанных с болезнью Альцгеймера, так и сейчас ищут - прогресса ноль. зато сейчас дружно все эти жулики пиарятся, что типа подключились к исследованию коронавируса. Лет 20 будут "исследовать", потом на новое что-нить переключатся исходя из тенденций.
Так и будут дальше безрезультатно пиарить себя, рожать бессмысленные статьи, но никаких результатов не покажут. А что они там на самом деле "исследуют" очень сложно выяснить, поскольку владея мизерной частью очень сложно представить себе целое.
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 20.04.2020, 06:23   [включить плавающее окно]   #355
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
SETI_home_v8
Из длительных наблюдений за этим непотребством. Года с 2001 слежу за темой, сам участвовал в Folding@Home, когда вся эта ботва ещё на одних процах крутилась, как тогда они типа искали что-то в белках, связанных с болезнью Альцгеймера, так и сейчас ищут - прогресса ноль. зато сейчас дружно все эти жулики пиарятся, что типа подключились к исследованию коронавируса. Лет 20 будут "исследовать", потом на новое что-нить переключатся исходя из тенденций.
Так и будут дальше безрезультатно пиарить себя, рожать бессмысленные статьи, но никаких результатов не покажут. А что они там на самом деле "исследуют" очень сложно выяснить, поскольку владея мизерной частью очень сложно представить себе целое.
Статьи не бессмысленные. фундаментальная наука она всегда убыточна... потому что сразу не дает результатов которые можно продать или как то использовать...
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 20.04.2020, 06:28   [включить плавающее окно]   #356
Lesnik75
Мужской Супер модератор
 
Регистрация: 08.02.2003
Адрес: Novosibirsk
Полковник Исаев
Нарушитель - это не нарушитель, а крупный научный работник, человек интеллектуального труда. (с) Товарищ Саахов, aka ах какой человек.
__________________
и тут пришел лесник ;)
Lesnik75 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 20.04.2020, 08:05   [включить плавающее окно]   #357
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
SETI_home_v8
К науке это не имеет никакого отношения - исследования без результата пиара ради.
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 22.04.2020, 07:28   [включить плавающее окно]   #358
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
SETI_home_v8
К науке это не имеет никакого отношения - исследования без результата пиара ради.
на лицо: стойкое не желание признавать результаты работы распределенных вычислений...
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 22.04.2020, 08:54   [включить плавающее окно]   #359
Lesnik75
Мужской Супер модератор
 
Регистрация: 08.02.2003
Адрес: Novosibirsk
Отсутствие результата тоже результат?
__________________
и тут пришел лесник ;)
Lesnik75 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 22.04.2020, 12:34   [включить плавающее окно]   #360
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Цитата (SETI_home_v8) »
стойкое не желание признавать результаты работы распределенных вычислений
Так покажи хоть один результат! За столько лет чего добились эти вычислятели? Красивыми картинками можно дурить необразованную публику и мотивировать баснями, соревновательным элементом и грибочками в статус.
Может они разработали новую вакцину от какой-нить старой болезни? Так ни хрена не разработали! Может раздвинули границы наблюдаемой вселенной? Тоже хрена там...
Я помню только один реальный результат распределённых вычислений, который ранее уже упоминал - это когда ломали ключ RSA на игровой консоли, чтоб модифицировать игры и потом успешно скармливать приставке.
Но там была чёткая цель, люди знали точно в чём участвуют, по достижению все участники получили результат.
А тут только эксплуатация лохов для своих неизвестных целей.
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Ответ Создать новую тему

Опции темы
Опции просмотра

Ваши права в разделе
Вы не можете создавать новые темы
Вы не можете отвечать в темах
Вы не можете прикреплять вложения
Вы не можете редактировать свои сообщения

BB коды Вкл.
Смайлы Вкл.
[IMG] код Вкл.
HTML код Выкл.

Быстрый переход


Текущее время: 19:12. Часовой пояс GMT +3.


Powered by vBulletin® Version 3.8.4
Copyright ©2000 - 2020, Jelsoft Enterprises Ltd. Перевод: zCarot
Copyright © 2000-2017 3DNews. All Rights Reserved.
Администрация 3DNews требует соблюдения на форуме правил и законов РФ
Серверы размещены в Hostkey