Форум 3DNews
Вернуться   Форум 3DNews > Разное > Флейм > Тематический околокомпьютерный флейм

Ответ Создать новую тему
Опции темы Опции просмотра
Непрочитано 18.01.2020, 17:21   [включить плавающее окно]   #281
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Цитата (SETI_home_v8) »
Выбор проектов для современных
видеокарт ATI и NVidia
Этой статье минимум 13 лет, ТРИНАДЦАТЬ лет Карл! Кому это надо? Какие блин ATi? Оно умерло давно уже, а ты снова бездумно копипастишь средневековые статьи про давно мёртвые проекты.

Silphidae
Даже не знаю, тут уже не только некрофилией пахнет, даже сложно представить, чем ещё... Может доктора позвать?
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka

Последний раз редактировалось Полковник Исаев; 18.01.2020 в 17:26.
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 18.01.2020, 17:51   [включить плавающее окно]   #282
Lesnik75
Мужской Супер модератор
 
Регистрация: 08.02.2003
Адрес: Novosibirsk
Значит это кто-то все-таки читает...
__________________
и тут пришел лесник ;)
Lesnik75 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 18.01.2020, 18:27   [включить плавающее окно]   #283
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Lesnik75
Просматривает заголовки по диагонали
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 18.01.2020, 18:39   [включить плавающее окно]   #284
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Этой статье минимум 13 лет, ТРИНАДЦАТЬ лет Карл! Кому это надо? Какие блин ATi? Оно умерло давно уже, а ты снова бездумно копипастишь средневековые статьи про давно мёртвые проекты.

Silphidae
Может доктора позвать?
Не стоит...
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 21.01.2020, 17:45   [включить плавающее окно]   #285
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Русский Процессор Эльбрус в распределенных вычислениях на благо науки…

Русский Процессор Эльбрус в распределенных вычислениях на благо науки…
А теперь - про производительность Эльбруса!

Несколько дней назад, благодаря Игорю, был получен доступ к машине с 4(!) Эльбрус-8C, что позволило оценить производительность подобной системы в рамках нашего проекта не косвенным, а прямым методом. И это очень интересно! В том числе и потому что очень большое число прикладных задач из коммерческого сектора, связанных с базами данных, web-серверамии т.п. в основном выполняют операции не с плавающей точкой (хотя и их бывает немало), а с целыми числами. И вот теперь, у нас уже есть первые проверенные результаты - компьютера № 9991. https://rake.boincfast.ru/rakesearch...hp?hostid=9991

Для начала однопоточная производительность. Сама по себе она мало что значит, но можно сделать некоторые выводы.

Что мы видим - с одной стороны, скорость вычислений "на одном потоке" в Эльбрус-8C проигрывает современным десктопным процессорам (они отмечены зелёным цветом) в 2-3 раза, в некоторых случаях - до 4-х (только у этого Core i7-8700K - отключен Hyper-Threading!). Однако при сравнении с серверными процессорами (выделены синим цветом), разрыв уменьшается - до 1.5 - 2 раз, так как их частоты - значительно ниже. Но в них - больше ядер и потоков. А в Эльбрусе - частота ещё ниже - всего 1.30 ГГц, и если мы это учтём, то увидим, что производительность на такт у него как минимум не хуже, чем у лучших десктопных и серверных процессоров.

И, самое интересное - валовая производительность (в квадратных скобках после модели CPU идёт число потоков, опознанных BOINC-клиентом):
Смотря на эту диаграмму, надо понимать, что вы видите. Это не производительность отдельно взятого(ых) процессора(ов), это производительность систем, которые были сделаны на их основе. В случае с десктопными процессорами (также отмечены зелёным) - в системе может быть только 1 CPU. В случае серверных систем на основе Xeon E5 - до двух CPU. А вот в случае с Эльбрус-8С в сервер можно поставить и 4 процессора! И это существенно уменьшает отставание в ситуации, когда у того же Xeon E5-2683 v3 на один сокет приходится 14 ядер (и 28 потоков), а у Эльбруса - 8. Двусокетной машине с 28 ядрами, уже сейчас можно сопоставить машину на Эльбрусе с 32!

Из диаграммы ясно видно, что, хотя существующие модели не смогут конкурировать с десктопными системами ни по производительности ни, скорее всего, по цене (официальных цен нет, но по интернету гуляют примерные цены). В этом нет никакой интриги. А вот в серверном сегменте ситуация - куда интереснее - система, аналогичная серверу с 2 x Xeon E5-2683 v3 будет стоить где-то $10 000. $12 000 и, возможно, что в отдельных секторах этого рынка Эльбрусы могут составить конкуренцию уже сейчас. В случае же, реализации планов по наращиванию числа ядер (в Wiki говорят о вариантах с 16 и 32 ядрами) и частот, ситуация может стать ещё лучше.

По мере работы системы статистика будет накапливаться и, будем надеется, мы увидим ещё немало интересного!
Думаю, что к диаграммам выше стоит добавить ещё одно пояснение - про параллельность внутри потока. Если мы посмотрим на любую программу, то скорее всего увидим, то даже в "исключительно однопоточном" в силу алгоритма коде, далеко не все операции (или строки кода) процессор обязан выполнять строго последовательно. Например, в одной из двух основных по времени работы функций в расчётном модуле R10 есть вот такие строчки:
...
<Начало цикла>
rowId = path[cellId][0];
columnId = path[cellId][1];
isGet = 0;
cellValue = Square:mpty;
freeValuesMask = (1u << Rank) - 1;
freeValuesMask &= flagsColumns[columnId] & flagsRows[rowId] & flagsCellsHistory[rowId][columnId];
...
Первые четыре из этих строк - описывают действия, полностью независимые друг от друга! Шестая - зависит от пятой, но, по сути, они могут быть склеены в одну строку, состоящую из нескольких операций, часть из которых также может быть выполнена параллельно! То есть, в рамках нашего алгоритма есть возможность распараллеливания на уровне отдельных инструкций. Но, в тоже время, число подобных действий - невелико, в пределах 5-10, что, скорее всего, позволяет неплохо задействовать эти возможности в современных процессорах от AMD и Intel, которые могут выполнять как раз где-то около 5-8 инструкций одновременно, но лишь частично задействует возможность Эльбрус-8C в котором число одновременно выполняемых инструкций может достигать 25! А это значит, что в задачах с более высокой степенью "внутреннего параллелизма" соотношение может изменяться в пользу Эльбрус-8C до 3-5 раз и, даже системы, существующие сейчас, в ряде задач могут выходить в лидеры и по однопоточной производительности, и по валовой производительности CPU, и по валовой производителности системы. Результат в RakeSearch, по сути - это результат в самых неподходящих условиях. И это делает данные результаты ещё интереснее.
Нажмите на изображение для увеличения
Название: MjmM5fUEEWE.jpg
Просмотров: 75
Размер:	104.0 Кб
ID:	56553

Нажмите на изображение для увеличения
Название: VjHP5ILsvbU.jpg
Просмотров: 64
Размер:	108.9 Кб
ID:	56554
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 21.01.2020, 18:11   [включить плавающее окно]   #286
Lesnik75
Мужской Супер модератор
 
Регистрация: 08.02.2003
Адрес: Novosibirsk
И откуда эта ерунда в очередной раз скопи-пастена?


Цитата (SETI_home_v8) »
В случае серверных систем на основе Xeon E5 - до двух CPU.
Мат.часть учите. E5-4xxx и будет вам до 4х.
Первая цифра в маркировке этих Xeon это возможное количество CPU на МВ.
E5-1xxx - один сокет.
E5-2xxx - возможна 2х-сокетная конфигурация.
Остальное тоже идиотия, комментить лень.
__________________
и тут пришел лесник ;)
Lesnik75 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 22.01.2020, 11:13   [включить плавающее окно]   #287
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Цитата (Lesnik75) »
И откуда эта ерунда в очередной раз скопи-пастена?



Мат.часть учите. E5-4xxx и будет вам до 4х.
Первая цифра в маркировке этих Xeon это возможное количество CPU на МВ.
E5-1xxx - один сокет.
E5-2xxx - возможна 2х-сокетная конфигурация.
Остальное тоже идиотия, комментить лень.
c научного ресурса...
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 30.01.2020, 19:38   [включить плавающее окно]   #288
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Silphidae
Ну если попросить сообщество BOINC, но они тебе тоже картиночку вируса в короне в профиль добавят в качестве ачивки за любознательность
А вообще хороший вопрос к крупным медицинским компаниям, которые любят рассказывать о своих достижениях, пока нет реальной угрозы.
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 30.01.2020, 19:44   [включить плавающее окно]   #289
Smirnoff
Мужской Модератор
 
Аватар для Smirnoff
 
Регистрация: 30.12.2004
Адрес: Новосибирск
вопрос к крупным медицинским компаниям, которые любят рассказывать о своих достижениях, пока нет реальной угрозы.
А что есть вообще "реальная угроза"?
Злобный свежий корона-вирус из кетая?
Или просто тривиальный вирус общеизвсестного грипа?..
https://ria.ru/20200128/1563932836.html
Как насчёт сравнения числа умерших, э?..
__________________
С уважением,
Олег Р. Смирнов

Последний раз редактировалось Smirnoff; 30.01.2020 в 19:47.
Smirnoff вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 31.01.2020, 16:22   [включить плавающее окно]   #290
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Цитата (Silphidae) »
Где?! Где я вас спрашиваю?! Доколе терпеть это безумное буйство вируса с короною?
Где, етить его за ногу, призывы направить все наши необъятные ресурсы на вычисления противоядия против заразы разрушающей экономику Поднебесной и туристический бизнес Санкт-Петербурга?
Молчит вражина. Затаился.
По субботам...

Добавлено через 4 минуты

Да какое там! у нас на дорогах гибнет ежегодно по двадцать тысяч человек, ни какой вирус даже рядом не валялся....
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 31.01.2020, 19:43   [включить плавающее окно]   #291
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Цитата (Smirnoff) »
А что есть вообще "реальная угроза"?
В данном контексте - пандемия заболевания с высоким риском смертельного исхода.

Мне интересно тут другое - почему за последние годы именно в Китае вспыхивали эпидемии новых заболеваний, то новых, то мутировавших старых, словно кто-то на них испытывает биологическое оружие

Добавлено через 53 секунды

Цитата (SETI_home_v8) »
у нас на дорогах гибнет ежегодно по двадцать тысяч человек, ни какой вирус даже рядом не валялся
Это так, но на это никакие распределённые вычисления не могут повлиять, а что там с реальными достижениями в борьбе с инфекциями?
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 01.02.2020, 07:20   [включить плавающее окно]   #292
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Работа OpenZika над сетью мирового сообщества завершена

Работа OpenZika над сетью мирового сообщества завершена
Автор: исследовательская команда OpenZika
13 декабря 2019 г.
Резюме
Теперь, когда работа OpenZika над World Community Grid завершена, исследователи начинают следующий этап своей работы, продолжая распространять информацию о своих ранних результатах.
Прогресс в выборе и тестировании соединений
(https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=598 )
Продолжая прогресс, который мы упомянули в нашем последнем обновлении проекта в начале этого года, мы фактически отобрали и приобрели 75 соединений - 55 кандидатов на вирус Зика (ZIKV) и 20 кандидатов на вирус денге (DENV) - для экспериментальной оценки у доктора Сикейра. Лаборатория Нето в Сан-Диего. Лаборатория доктора Сикейра-Нето проводила клеточные анализы в стволовых клетках глиобластомы (hGSC) с помощью ZIKV.
Из экспериментальных результатов, полученных к настоящему времени, два соединения, отобранные для протеазы NS2B-NS3, обладали ингибирующей активностью в отношении клеток, инфицированных ZIKV, и низкой цитотоксичностью (фиг. 1). Один из них проявлял активность в наномолярном диапазоне и поэтому является многообещающим кандидатом.
Рисунок 1. Виртуальный скрининг для протеазы ZIKV и DENV NS2B-NS3.
Кроме того, из семи соединений, отобранных для сайта РНК геликазы NS3, три были для сайта АТФ и ингибировали клетки, инфицированные ZIKV и обладали низкой цитотоксичностью (фиг. 2).
Рисунок 2. Виртуальный скрининг геликазы ZIKV NS3, сайта АТФ и сайта РНК.
Два соединения были практически отобраны для NS5-метилтрансферазы и обладали ингибирующей активностью в отношении клеток, инфицированных ZIKV (одно для активного сайта и одно для SAM-сайта), и имели низкую цитотоксичность (фиг.3).
Рисунок 3. Виртуальный скрининг для сайта ZIKV NS5 метилтрансфераза, активный, GTP и SAM.
Ни одно из соединений, практически отобранных для NS5-полимеразы, не проявляло ингибирующей активности в отношении клеток, инфицированных ZIKV (фиг.4).
Рисунок 4. Виртуальный скрининг для сайта ZIKV NS5 полимеразы, NTP и РНК сайта.
Одно соединение, фактически выбранное для белка оболочки ZIKV, было ингибитором клеток, инфицированных ZIKV и низкой цитотоксичностью (фигура 5).
Рисунок 5. Виртуальный скрининг белка конверта ZIKV.
Ферментные анализы с геликазой ZIKV NS3, протеазой NS2B-NS3 и полимеразой NS5 будут проводиться в Физическом институте Сан-Карлоса, Университет Сан-Паулу (Бразилия), в лаборатории профессора Глаусиуса Оливы, для проверки предполагаемых ферментативных кандидатов. деятельность.
Два соединения, практически отобранные для протеазы DENV NS2B-NS3, были ингибитором против клеток, инфицированных ZIKV, и имели низкую цитотоксичность (фиг.6). Активные сайты протеазы DENV и ZIKV имеют более 90% идентичности последовательности. Эти соединения также будут протестированы на клетках, инфицированных DENV, в лаборатории профессора Хосе Модены, другого сотрудника OpenZika, в Университете Кампинас (UNICAMP) в Бразилии.
Рисунок 6. Виртуальный скрининг против протеазы DENV NS2B-NS3.
Два соединения, фактически отобранные для геликазы DENV NS3, были ингибитором клеток, инфицированных ZIKV, а также обладали низкой цитотоксичностью (фиг.7). Сайты АТФ и РНК протеазы DENV и ZIKV являются консервативными и имеют более 90% идентичности последовательностей. Эти соединения также будут протестированы на клетках, инфицированных DENV, в лаборатории профессора Хосе Модены в ЮНИКАМП.
Рисунок 7. Виртуальный скрининг против сайта ATP геликазы DENV NS3 и сайта РНК.
В другом проекте, проводимом студентом бакалавриата Пауло Рамосом, мы использовали интегративный анализ сходства, модели стыковки и машинного обучения (ML) для выявления новых кандидатов на ингибиторы ZIKV NS5 под руководством известных ингибиторов DENV NS5. Сравнивая первичную последовательность сайтов связывания NS5 ZIKV и NS5 DENV (SAM, GTP, РНК-сайт, каталитический сайт и N-Pocket), мы обнаружили высокую идентичность последовательности для всех из них. Мы искали ингибиторы DENV NS5 в базах данных PubChem и ChEMBL и просмотрели эти модели ML для Zika.
Мы обнаружили 145 соединений, о которых сообщалось как об ингибиторах DENV NS5, которые были просеяны через фильтр ML (рис. 8). Из этого фильтра 74 соединения были расставлены по приоритетам для расчетов молекулярного докинга. В 32 соединениях, которые продемонстрировали показатели свободной энергии при стыковке <-7,0 ккал / моль, был проведен поиск сходства со структурами в коммерческой базе данных E-молекул, в результате чего было получено 6053 аналогичных соединения. ML и процесс стыковки были повторены для этих аналогичных соединений. Соединения также были подвергнуты скринингу на байесовских моделях ML на ZIKV и цитотоксичность, и 58 были расставлены по приоритетам. Наконец, эти соединения были проверены через серверы STopTox1 и Pred-hERG2, и 38 соединений были предсказаны как нетоксичные для изученных конечных точек. Эти соединения будут закуплены и представлены для экспериментальной оценки.
Рисунок 8. Виртуальный скрининг на ZIKV NS5 под руководством ингибиторов Dengue NS5.
В совместном проекте с проф. Скотт Ластер и Фрэнк Шолле из Университета штата Северная Каролина, мы выполнили расчеты стыковки для природных соединений из Ashitaba (Angelica keiskei), который используется в азиатской медицине. Эти соединения были описаны в литературе как вирусные ингибиторы. Мы провели скрининг экстрактов из ашитабы с помощью клеточных и цитотоксических анализов (рис. 9). Они также представили противовирусную активность против ZIKV. Таким образом, мы выделили соединения, и три халкона продемонстрировали анти-ZIKV-активность с IC50 в диапазоне 5-20 мкМ и низкой цитотоксичностью в клетках млекопитающих (CC50 100 мкМ). Прогнозирование цели было выполнено, и мы предсказали, что протеаза является наиболее вероятной целью этих соединений. Мы также провели исследования молекулярного докинга по всем белкам ZIKV в проекте OpenZika. Согласившись с прогнозом цели, док предположил, что протеаза ZIKV является основной целью. Ферментативный анализ протеазы показал, что соединения могут ингибировать протеазу ZIKV, подтверждая предсказания in silico.
Рис. 9. При скрининге экстрактов из Ашитабы с помощью клеточного и вычислительного подходов было обнаружено три халконоподобных ингибитора ZIKV NS3.


Принятые и предстоящие публикации
Наша статья под названием «Диариламин, полученный из антраниловой кислоты, ингибирует репликацию ZIKV» была принята в журнале Scientific Reports. Это исследование было совместной работой с профессором Аной Каролиной Жардим из Федерального университета, Бразилия, и в нем сообщается о серии аналогов из антраниловой кислоты, отобранных с помощью клеточных анализов. Затем расчеты стыковки, выполненные в проекте OpenZika, показали, что геликаза NS3 была наиболее вероятной мишенью, что было подтверждено экспериментально ферментативными анализами.
Недавно мы представили антивирусным исследованиям документ «Натуральные продукты из Angelica keiskei с активностью против протеазы Zika vírus NS2B-NS3». В этом исследовании описаны три соединения, извлеченные из Angelica keiskei, обычно используемые в азиатской медицине, которые проявляли анти-ZIKV-активность в клеточных анализах. Прогнозирование цели и молекулярная стыковка показали, что протеаза NS2B-NS3 является наиболее вероятной мишенью. Ферментные анализы подтвердили предсказания in silico predictions.
Документы в стадии написания - будут представлены в ближайшее время:
Мы готовим следующие статьи о впечатляющих результатах проекта OpenZika:
(https://link.springer.com/article/10...095-018-2558-3 )
В одной статье сообщается о результатах (виртуальных и экспериментальных) первого раунда соединений, отобранных против геликазы ZIKV NS3, которые проявляли анти-ZIKV-активность в стволовых клетках глиобластомы человека (hGSC);
В одной статье сообщается о результатах виртуального скрининга и экспериментальной оценки природных продуктов из нитрогенов птерогина, которые продемонстрировали анти-ZIKV-активность, ингибируя протеины ZIKV-протеазы и геликазы;
В одном документе сообщается о результатах для утвержденных лекарственных препаратов / соединений клинических коллекций, которые обладают противомалярийной активностью, в которых представлены действия против ZIKV против белка геликазы ZIKV, кандидатов на лекарственные средства.
(https://doi.org/10.1016/j.drudis.2018.06.014 )
Эти документы будут вскоре представлены в научных журналах.
Прошлые публикации и пропаганда
Мы опубликовали обзор под названием «Высокая пропускная способность и вычислительное перепрофилирование для забытых болезней» в журнале Pharmaceutical Research. В этой статье описываются усилия по перепрофилированию многих лекарств, предпринимаемые в разных лабораториях по всему миру, чтобы попытаться найти способы лечения многих тропических заболеваний, включая инфекции Зика и денге.
20 июня 2018 года был опубликован основной обзор «Обнаружение наркотиков сегодня» «Обнаружение лекарств от А до Я». Это всеобъемлющий обзор недавних достижений в области обнаружения наркотиков ЗИКВ, в котором освещаются репозиционирование лекарств и соединения с компьютерным контролем, в том числе недавно обнаруженные вирусные. и ингибиторы клетки-хозяина. Также описываются и обсуждаются перспективные молекулярные мишени ZIKV, а также мишени, принадлежащие клетке-хозяину, как новые возможности для открытия лекарств ZIKV. Все эти знания не только важны для продвижения борьбы с вирусом Зика и другими флавивирусами, но и помогут научному сообществу подготовиться к следующей вспышке вируса, на которую мы должны будем реагировать.
(http://www.scielo.br/pdf/bjps/v54nsp...spe-e01002.pdf )
20 октября 2016 года была опубликована наша статья о забытых тропических заболеваниях PLoS «OpenZika: проект всемирного сетевого сообщества IBM по ускорению обнаружения вируса Зика», и ее уже просмотрели более 5200 раз. Любой может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Другой исследовательский документ «Иллюстрирование и гомологическое моделирование белков вируса Зика» был опубликован в F1000Research и просмотрен> 4200 раз.
Мы также опубликовали еще одну исследовательскую работу под названием «Моделирование молекулярной динамики геликазы Zika Virus NS3: анализ активности сайтов связывания РНК» в специальном выпуске о флавивирусах для журнала Biochemical and Biophysical Research Communications. Это исследование системы геликазы NS3 помогло нам узнать больше об этой многообещающей цели для блокирования репликации Zika. Результаты помогут понять, как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы выполняли на геликазе NS3, и моделирование молекулярной динамики создало новые конформации этой системы, которые мы использовали в качестве целей на новых виртуальных экранах, которые мы выполняли в рамках OpenZika.
(https://f1000research.com/articles/5-275/v1 )
Д-р Шон Экинс представил плакат на «Симпозиуме клеток: новые и вновь появляющиеся вирусы» 1-3 октября 2017 года в Арлингтоне, штат Вирджиния, США, на тему «OpenZika: открытие новых противовирусных кандидатов против вируса Зика».
Исследователи OpenZika, доктор Мелина Моттин, доктор Рузвельт Сильва, Msc. Бруна Соуза и Пауло Рамос представили плакаты на 9-й конференции BrazMedChem 2019, крупнейшей конференции по медицинской химии в Латинской Америке, организованной OpenZika PI, профессором Каролиной Орта Андраде.
(http://www.sciencedirect.com/science...34X?via%3Dihub )
Д-р Мелина и Бруна представили исследования, связанные с природными соединениями: «Открытие флавоноидов из нитроген птерогина с мощной активностью против протеазы и геликазы вируса Зика» и «Открытие новых кандидатов на вирус Зика: натуральные продукты из Angelica keiskei с активностью против NS2B-NS3 протеаза» соответственно. Пауло представил работу «Интегративный анализ сходства, модели стыковки и машинного обучения для выявления новых хитов Zika NS5, управляемых ингибиторами Dengue NS5». Пауло также представил эту работу на 16-м Конгрессе CONPEEX (Исследования, обучения и расширения Федерального университета Гояса - UFG).) и работа была выбрана для премии UFG бакалавриата.
Доктор Рузвельт представил плакат по молекулярной динамике ZIKV NS1: «Динамическое поведение вирусов Денге и Зика. NS1 белок раскрывает механизмы взаимодействия мономер-мономер и дает представление о рациональном дизайне лекарств».
Доктор Шон Экинс также принимал участие в 9-й конференции BrazMedChem в качестве основного докладчика, представляя доклад «Следующая эра фармацевтических исследований: от байесовских моделей к глубокому обучению», касающийся обновленных результатов проекта OpenZika, а также его работы над болезнью Шагаса и Эбола.
(http://www.cell-symposia.com/emerging-viruses-2017/ )
Рисунок 10. Команда LabMol и доктор Шон Экинс (в белых брюках) на симпозиуме BrazMedChem.
Рисунок 11. Доктор Шон Экинс, выступая на 9-м Симпозиуме BrazMedChem в Бразилии, о последних результатах проекта OpenZika.
(https://brazmedchem.org/ )
Доктор Мелина Моттин недавно представила обновленную информацию о проекте OpenZika в качестве устной презентации на RENORBIO 2019: II Совещание по биотехнологии Северо-Востока в Форталезе, Бразилия, 28 ноября 2019 года.
(https://eventosrenorbio.com.br/ii-en...a-do-nordeste/ )
Рисунок 12. Доктор Мелина представляет обновленные результаты проекта OpenZika на конференции RENORBIO.
Недавно проф. Каролина Орта Андраде выступила на открытии конференции на III семинаре молодых медицинских химиков в Сальвадоре, БА, Бразилия, 21 ноября 2019 года. В своей лекции она продемонстрировала проект OpenZika и наши последние интересные результаты.
(https://jpesquisadores.wixsite.com/workshop )
Рисунок 13. Доктор Каролина Андраде, представляющая обновленные результаты проекта OpenZika на III семинаре молодых медицинских химиков.
(https://jpesquisadores.wixsite.com/workshop )
Состояние расчетов
(https://brazmedchem.org/preliminary-...-dd34a2bd-e7db )
В общей сложности мы предоставили почти 9,29 миллиарда рабочих мест для стыковки, в которых участвовало 427 различных целевых сайтов. На наших первых экранах использовалась более старая библиотека из 6 миллионов коммерчески доступных соединений, а в наших текущих экспериментах используется новая библиотека ZINC15 из 30,2 миллиона соединений.
80 000 добровольцев, которые пожертвовали свои запасные вычислительные мощности OpenZika, дали нам 92 696 процессорных лет вычислений на стыковку! Спасибо всем большое за вашу помощь !!
Мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают стыковку 30,2 миллиона соединений против NS1, NS helicase (и сайт связывания РНК, и сайт NTP), NS5 РНК-полимераза (карман NTP и РНК), NS5 метилтрансфераза (сайт SAM и GTP) Протеиназа NS2B / NS3, капсид (карманы связывания 1 и 2) и белок оболочки.
Мы невероятно благодарны всем добровольцам, которые пожертвовали свое неиспользованное компьютерное время этому проекту! Большое спасибо!!
Ссылки
СТОПТОКС 1.0. LabMol, 2016. Доступно по адресу: http://stoptox.labmol.com.br/. Доступ: 02 декабря 2019 года.
(http://stoptox.labmol.com.br/ )
Pred-HERGA новый веб-доступный вычислительный инструмент для прогнозирования сердечной токсичности. Брага, Р.С .; Алвес В.М. Сильва, М.Ф.Б .; Муратов Э .; Fourches, D .; Ляо, Л.М .; Тропша, А .; Andrade, C.H. Mol. Inf.2015, 34, 698-701.10.1002 / minf.201500040
(http://dx.doi.org/10.1002/minf.201500040 )
Нажмите на изображение для увеличения
Название: OZ-Figure-1.jpg
Просмотров: 66
Размер:	16.7 Кб
ID:	56666

Нажмите на изображение для увеличения
Название: OZ-Figure-2.jpg
Просмотров: 54
Размер:	32.0 Кб
ID:	56667

Нажмите на изображение для увеличения
Название: OZ-Figure-3a.jpg
Просмотров: 58
Размер:	34.3 Кб
ID:	56668

Нажмите на изображение для увеличения
Название: OZ-Figure-3b.jpg
Просмотров: 49
Размер:	17.5 Кб
ID:	56669

Нажмите на изображение для увеличения
Название: OZ-Figure-4.jpg
Просмотров: 52
Размер:	32.9 Кб
ID:	56670
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 01.02.2020, 12:21   [включить плавающее окно]   #293
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Цитата (Silphidae) »
У тебя только по субботам пальцы способно сотворить магию ctrl+c и ctrl +v? В остальные дни пальцы сжаты в кулак в поддержке Греты?
Да!
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 05.02.2020, 16:59   [включить плавающее окно]   #294
SETI_home_v8
Мужской Продвинутый
Автор темы
 
Аватар для SETI_home_v8
 
Регистрация: 11.08.2018
Адрес: Тюмень
Агитация 3
Знаете ли вы, что большинство времени ресурсы компьютера используются менее чем на 5%? Для процессора, время между нажатиями клавиш при печати, время пока вы читаете с экрана какой-нибудь текст или ненадолго отошли от компьютера — целая вечность.

Если хотите занять свободное время своего компьютера чем-то полезным, присоединяйтесь к одному из проектов распределённых вычислений.

Например, можно помочь проекту ClimatePrediction составить прогноз погоды на 50 лет вперед, или вместе с учеными Lifemapper создать электронный атлас живой природы.

Или, поучаствовать в разработке лекарства от рака вместе с GRID.ORG, от рассеянного склероза и болезни Альцгеймера - с Folding@home, от СПИДа - с Find-a-drug.

Можно помочь Seventeen or Bust решить задачу Серпински, поискать инопланетян с SETI@home, или открыть новые простые числа в GIMPS.

Обычной работе(или игре ) на компьютере это абсолютно не мешает. Программы распределенных вычислений работают только в то время, когда процессор не загружен ничем другим.

Во всех этих проектах существуют российские команды, присоединившись к любой из которых вы будете не только помогать мировой науке, но и поддерживать престиж России продвигая её к верхним строкам общемирового рейтинга.

В общем, выбирайте проект по вкусу, и присоединяйтесь! www.Boinc.ru
__________________
www.Boinc.ru распределенные вычисления на благо науки!
SETI_home_v8 вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 05.02.2020, 18:10   [включить плавающее окно]   #295
garniv
Мужской Модератор
 
Аватар для garniv
 
Регистрация: 29.06.2004
Цитата (SETI_home_v8) »
и поддерживать престиж России продвигая её к верхним строкам общемирового рейтинга.
лол)
Цитата (SETI_home_v8) »
Например, можно помочь проекту ClimatePrediction составить прогноз погоды на 50 лет вперед
Так по существующим моделям ошибка предсказания экспоненциально увеличивается, и прогнозы дальше 10 дней не имеют никакой адекватной пользы?..
__________________
Хочешь помочь новичку — делай вместе с ним. Хочешь помочь старику — делай вместо него. Хочешь помочь мастеру — отойди и не мешай. А хочешь помочь Таргитаю — сам Таргитай.

Последний раз редактировалось garniv; 05.02.2020 в 19:20.
garniv вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 05.02.2020, 19:30   [включить плавающее окно]   #296
Полковник Исаев
Мужской Недосягаемый
 
Аватар для Полковник Исаев
 
Регистрация: 06.09.2003
Адрес: Москва
Цитата (SETI_home_v8) »
Агитация 3
Прошла чуть менее безуспешно, чем всегда.
Я пожалуй придержу невостребованные 95% процессорного времени для своих нужд, буду двигать престиж России самостоятельно и повыше любых строк общемировых рейтингов!

ps: Уж лучше порнуху безвозмездно на трекерах раздавать, там хоть от души спасибо скажут и каммент приятный напишут... а тут только циферки в профиль.
__________________
ПУК - Последняя Удачная Конфигурация.
(с) veroni4ka
Полковник Исаев вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 05.02.2020, 19:41   [включить плавающее окно]   #297
Zagadnik
Мужской Умудрённый
 
Аватар для Zagadnik
 
Регистрация: 12.11.2012
Адрес: Алтай
Во чё откопал недавно!
Хоть и ATI3650 померла, зато "грамота на память" осталась!
Миниатюры
Нажмите на изображение для увеличения
Название: cert.jpg
Просмотров: 62
Размер:	71.6 Кб
ID:	56704  
__________________
Поставил на SSD Windows 10, грузится быстро, почти, как Win98 без драйверов. (c) Freevad
Zagadnik вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 06.02.2020, 10:09   [включить плавающее окно]   #298
Smirnoff
Мужской Модератор
 
Аватар для Smirnoff
 
Регистрация: 30.12.2004
Адрес: Новосибирск
Цитата (garniv) »
по существующим моделям ошибка предсказания экспоненциально увеличивается
Там не экспонента, а вовсе эвольвента; и как раз с периодом в 50 лет...
__________________
С уважением,
Олег Р. Смирнов
Smirnoff вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 06.02.2020, 12:32   [включить плавающее окно]   #299
XaXoL
Мужской Модератор
 
Аватар для XaXoL
 
Регистрация: 17.03.2004
Адрес: K-PAX
Цитата (Zagadnik) »
Во чё откопал недавно!
Хоть и ATI3650 померла, зато "грамота на память" осталась!
Серьёзная грамота, ветерана труда без проблем можно оформить

Добавлено через 1 минуту

Цитата (SETI_home_v8) »
можно помочь проекту ClimatePrediction составить прогноз погоды на 50 лет вперед
Реально на 50 лет вперёд? А они гарантируют что я поживу ещё 50 лет что бы проверить их прогноз, и если он не сбудется - вернуть своё процессорное время?
XaXoL вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Непрочитано 07.02.2020, 18:11   [включить плавающее окно]   #300
Lazy_Cat
Мужской Умудрённый
 
Аватар для Lazy_Cat
 
Регистрация: 25.07.2010
Адрес: Санкт-Петербург
Цитата (XaXoL) »
...вернуть своё процессорное время?
Надобно будет справку о реинкарнации и удостоверение временнОй актуальности предоставить для получения, к следующей жизни оно ещё процентами обрастёт...)))
__________________
Scio me nihil scire.

Последний раз редактировалось Lazy_Cat; 07.02.2020 в 18:15.
Lazy_Cat вне форума  
Конфигурация ПК
Ответить с цитированием
Ответ Создать новую тему

Опции темы
Опции просмотра

Ваши права в разделе
Вы не можете создавать новые темы
Вы не можете отвечать в темах
Вы не можете прикреплять вложения
Вы не можете редактировать свои сообщения

BB коды Вкл.
Смайлы Вкл.
[IMG] код Вкл.
HTML код Выкл.

Быстрый переход


Текущее время: 11:53. Часовой пояс GMT +3.


Powered by vBulletin® Version 3.8.4
Copyright ©2000 - 2020, Jelsoft Enterprises Ltd. Перевод: zCarot
Copyright © 2000-2017 3DNews. All Rights Reserved.
Администрация 3DNews требует соблюдения на форуме правил и законов РФ
Серверы размещены в Hostkey